结论前置：员工预支工资时，用人单位收取手续费的行为一般是不合法的，除非双方有特别约定且该约定不违反法律法规的强制性规定。

详细分析：

1. 法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。预支工资，本质上可以视为用人单位提前支付了劳动者应得的报酬，但这并不改变工资的性质，也不应因此产生额外的费用。
   • 除非双方有明确的书面约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意收取手续费或其他额外费用。

2. 合同约定层面：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了预支工资需要支付手续费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自由的角度出发，这样的约定可能是有效的。但即便如此，手续费的标准也应当合理，不能过高，否则可能构成对劳动者权益的侵害。
   • 在实际操作中，很少有劳动合同或协议会明确约定预支工资需要支付手续费，因为这通常不是劳动关系的核心内容，且可能引发劳动者的不满和争议。

3. 实际操作建议：

   • 对于劳动者而言，如果用人单位要求预支工资时支付手续费，劳动者有权拒绝，并可以向用人单位说明相关法律法规的规定，要求用人单位按时足额支付工资。
   • 如果用人单位坚持要求支付手续费，且双方无法达成一致意见，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 对于用人单位而言，应当遵守相关法律法规的规定，不得随意收取手续费或其他额外费用。如果确实需要预支工资，应当与劳动者协商一致，并明确预支的金额、时间、还款方式等事项，以避免不必要的纠纷和争议。

特殊情况说明：

• 在某些特殊情况下，如劳动者因个人原因急需资金，且用人单位出于人道主义考虑同意预支工资，并要求支付一定的“管理费”或“手续费”以覆盖相关成本（如财务处理成本、风险成本等），这种情况下如果双方能够达成一致意见，且手续费标准合理，可能不构成违法。但这种情况并不常见，且需要谨慎处理，以避免侵犯劳动者的合法权益。

总结与建议：

• 一般情况下，员工预支工资时用人单位收取手续费是不合法的。
• 如果双方有特别约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可能构成合法约定，但手续费标准应当合理。
• 劳动者在遇到此类情况时，应当了解自己的权益和法律法规的规定，必要时可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 用人单位应当遵守相关法律法规的规定，不得随意收取手续费或其他额外费用，以维护良好的劳动关系和企业的社会形象。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。