结论：未入住但存在违建的房屋被停水停电是否合法，需分情况讨论。一般来说，若停水停电行为由供水供电公司实施且未经法定程序，则不合法；若由行政机关依法实施且符合法定程序，则可能合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、供水供电公司的行为合法性
合同关系角度：
- 供水供电公司与业主之间存在供水供电合同关系。根据《民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
- 若业主未违反供水供电合同的相关约定，供水供电公司无权单方面停水停电。即使房屋存在违建，这也不构成供水供电公司停水停电的合法理由，因为违建问题与供水供电合同是两个独立的法律关系。
行政干预角度：
- 供水供电公司作为企业，一般无权直接对违建房屋进行停水停电等行政处罚。这类行为通常需要由行政机关依法作出决定，并由供水供电公司协助执行。
- 如果供水供电公司未经行政机关授权或未按照法定程序，擅自对违建房屋停水停电，那么这种行为可能构成违法，业主有权要求供水供电公司恢复供水供电，并可能追究其法律责任。
二、行政机关的行为合法性
行政处罚角度：
- 根据《城乡规划法》等相关法律法规，对于违反城乡规划进行建设的行为，行政机关有权依法进行处罚，包括责令停止建设、限期拆除、没收实物或者违法收入等。
- 在某些情况下，行政机关为了制止违建行为或确保违建拆除的顺利进行，可能会依法采取停水停电等措施。但这类措施必须严格依照法定程序进行，包括作出行政决定、告知当事人权利、听取当事人陈述申辩等。
程序合法性角度：
- 即使行政机关有权对违建房屋采取停水停电等措施，也必须确保程序的合法性。这包括作出停水停电决定前应当依法进行调查取证、告知当事人相关权利、听取当事人的陈述和申辩等。
- 如果行政机关未按照法定程序进行停水停电，那么这种行为可能构成违法，业主有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或变更相关行政决定。
三、业主的应对措施
核实停水停电主体：
- 业主首先应当核实停水停电的主体是供水供电公司还是行政机关。如果是供水供电公司擅自停水停电，业主可以要求其恢复供水供电，并可能追究其法律责任。
- 如果是行政机关依法采取的停水停电措施，业主应当了解相关行政决定的依据和程序，并依法行使自己的权利。
依法维权：
- 无论停水停电的主体是谁，业主都有权依法维护自己的合法权益。这包括向相关部门投诉、申请行政复议、提起行政诉讼等。
- 在维权过程中，业主应当保留好相关证据，如停水停电通知、合同、照片等，以便在需要时提供证明。
建议：如果您遇到未入住但存在违建的房屋被停水停电的情况，建议您首先核实停水停电的主体和原因，然后根据实际情况依法维权。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。