违法违纪案件正在办理时，年底考核结果的确定需根据具体身份、案件性质及单位考核制度综合判断，通常遵循“以事实为依据、以规定为准绳”的原则，分情况处理如下：

1. 公务员或参照公务员管理的事业单位人员
   根据《公务员考核规定（试行）》及《行政机关公务员处分条例》，若案件正在立案调查期间且未作出处分决定，单位一般应暂缓确定考核等次。待案件查结后，根据最终处理结果补定考核等次：

   • 若给予警告、记过、记大过、降级处分的，考核结果不得定为“优秀”等次；
     
   • 若给予撤职、开除处分的，直接定为“不称职”等次；
     
   • 若经调查不构成违纪或免予处分，可补定为原应评定等次（如“称职”或“优秀”）。
     法律依据：《公务员考核规定》第24条、《行政机关公务员处分条例》第40条。

2. 事业单位工作人员
   参照《事业单位工作人员处分暂行规定》，若案件在调查阶段，单位可暂缓考核。待处分决定生效后，按以下规则处理：

   • 受警告处分的，当年考核不得定为“优秀”等次；
     
   • 受记过、降低岗位等级或撤职处分的，考核结果直接定为“不合格”；
     
   • 若调查后无违纪事实，可补定考核等次并恢复相关待遇。
     例外情形：部分单位可能将“暂缓考核”期间视为“基本称职”或“不确定等次”，需以单位具体制度为准。

3. 国有企业或私营企业员工
   企业考核制度具有自主性，但需符合《劳动合同法》及内部规章制度：

   • 若案件涉及严重违反企业规章制度（如贪污、挪用资金），企业可依据制度直接评定为“不合格”或解除劳动合同；
     
   • 若案件尚在调查中，企业可暂缓考核或根据已查实情节部分扣分，但需避免“有罪推定”侵犯员工权益；
     
   • 若最终认定不构成违纪，企业应补发绩效奖励并修正考核记录。
     风险提示：企业单方降低考核结果需有明确制度依据，否则可能引发劳动争议。

实务建议：

1. 单位层面：应建立“案件办理与考核衔接”的内部流程，明确暂缓考核的期限（如不超过6个月）及补定程序，避免程序违法；
   
2. 个人层面：若认为考核结果不公，可依据《公务员申诉规定》或《劳动争议调解仲裁法》申请复核或仲裁，需在知道结果后30日内提出；
   
3. 证据保留：无论是单位还是个人，均需留存案件调查材料、考核制度文本及沟通记录，以备后续争议解决。
   

如需进一步分析具体案件类型或单位性质对考核的影响，可提供更多细节后深入探讨。