关于国有养殖建设用地1999年整体搬迁入住使用，2008年才让签出让合同是否合法的问题，这并不能直接判断为合法或非法，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：

1. 合同签订的时间与土地使用的关系：

   • 土地使用权的出让合同是确立土地使用权归属和双方权利义务的重要法律文件。通常，土地使用权的取得应当以签订出让合同为前提。然而，在实际操作中，可能存在先使用土地后补签合同的情况。
   • 如果1999年整体搬迁入住时，已经通过合法程序获得了土地使用权（如通过政府批准、划拨等方式），并且后续在2008年补签出让合同是对之前土地使用行为的合法确认，那么这种行为可能是合法的。
   • 如果1999年搬迁入住时并未获得合法的土地使用权，或者土地使用行为存在违法违规情况，那么即使2008年补签了出让合同，也可能无法改变之前土地使用行为的违法性。

2. 出让合同的签订程序与合法性：

   • 出让合同的签订应当遵循法定程序，包括土地评估、公开出让、签订合同等步骤。如果2008年签订出让合同时未遵循这些法定程序，那么合同的合法性可能会受到质疑。
   • 此外，出让合同的内容也应当符合法律法规的规定，如土地用途、使用年限、出让金等条款应当明确且合法。如果合同内容存在违法违规情况，那么合同的合法性也会受到影响。

3. 相关法律法规的适用：

   • 在判断此类问题时，需要参考相关的法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城市房地产管理法》等。这些法律法规对土地使用权的取得、出让合同的签订等方面都有明确的规定。
   • 如果1999年搬迁入住和2008年签订出让合同的行为符合这些法律法规的规定，那么这些行为就是合法的；反之，则可能违法。

4. 建议与行动：

   • 如果您对此类问题的合法性存在疑问，建议您首先查阅相关的法律法规和政策文件，了解土地使用权取得和出让合同签订的具体规定。
   • 同时，您可以咨询当地的土地管理部门或房地产管理部门，了解该地块的具体情况和相关政策。
   • 如果您认为自己的权益受到了侵害，或者存在违法违规行为，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。

总结来说，国有养殖建设用地1999年整体搬迁入住使用，2008年才让签出让合同是否合法，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。如果您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。