公司过年发100万现金是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
合法性分析：
- 如果公司发放的100万现金是作为员工的合法工资、奖金或福利，且符合相关法律法规的规定：例如，公司已经按照税法规定代扣代缴了个人所得税，且发放的金额没有违反公司内部的规章制度或劳动合同中的约定，那么这种发放行为是合法的。
- 如果公司发放的100万现金存在违法情形：比如，公司未按照税法规定代扣代缴个人所得税，或者发放的金额超出了公司财务制度的允许范围，甚至可能是以发放现金的形式进行洗钱等违法活动，那么这种发放行为就是违法的。
税务合规性：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得，均应缴纳个人所得税。因此，如果公司发放的100万现金属于上述范畴，公司有义务代扣代缴个人所得税。
- 如果公司未履行代扣代缴义务，税务机关有权对公司进行处罚，并要求公司补缴税款及滞纳金。同时，员工也可能面临税务风险，如被税务机关追缴税款及罚款。
公司财务与内部管理：
- 公司发放现金作为工资或福利时，应确保符合公司内部的财务管理制度和规章制度。如果公司章程或劳动合同中明确规定了工资或福利的发放形式、金额等，公司应严格遵守。
- 此外，公司还应考虑发放现金可能带来的管理成本和风险，如现金的安全保管、发放过程的透明度等。
实际操作建议：
- 对于公司而言：在发放现金作为工资或福利前，应确保符合相关法律法规的规定，包括代扣代缴个人所得税、遵守公司内部规章制度等。同时，应考虑发放现金的可行性和风险，如是否可以通过银行转账等方式替代现金发放。
- 对于员工而言：如果收到公司发放的现金作为工资或福利，应确认公司是否已代扣代缴个人所得税。如未代扣代缴，员工应主动向税务机关申报并缴纳税款，以避免税务风险。
总结来说，公司过年发100万现金是否合法，取决于发放的性质、是否符合相关法律法规的规定以及公司内部规章制度的要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。