入职协议公司仅盖章，该协议是否有效需分情况讨论：

1. 若入职协议内容合法且双方意思表示真实：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。这意味着，只要入职协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人在签订协议时意思表示真实，那么该协议就是有效的。
   • 公司盖章是表示公司对协议内容的认可和接受，是协议生效的一个重要条件。但仅公司盖章并不足以完全确定协议的有效性，还需要考虑协议的内容以及双方当事人的意思表示。不过，在大多数情况下，如果协议内容合法且双方意思表示真实，公司盖章后该协议即具有法律效力。

2. 若入职协议存在违法内容或意思表示不真实：

   • 如果入职协议中存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗的条款，那么该协议是无效的。即使公司已经盖章，也不能改变其无效的性质。
   • 另外，如果双方当事人在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致意思表示不真实，那么该协议也是可撤销的。在这种情况下，即使公司已经盖章，受损害方也有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。

3. 关于入职协议的形式要件：

   • 入职协议并不一定要采用特定的形式，如书面形式或公证形式等。只要协议内容合法且双方意思表示真实，口头协议也是有效的。但在实际操作中，为了保障双方的权益和避免纠纷，建议采用书面形式签订入职协议，并由双方当事人签字或盖章确认。
   • 对于公司仅盖章而未由员工签字的入职协议，如果员工已经实际履行了协议中的主要义务（如入职工作），且公司也接受了员工的履行行为，那么可以视为双方已经以实际行为达成了合意，该协议仍然有效。但为了避免潜在的纠纷和风险，建议员工在签订入职协议时也进行签字确认。

法律建议：

• 在签订入职协议前，员工应仔细阅读协议内容，确保协议内容合法且符合自己的意愿。
• 如果对协议内容有任何疑问或不确定之处，应及时向公司或专业律师咨询。
• 在签订协议时，建议员工也进行签字确认，以保障自己的权益和避免潜在的纠纷。

可能后果：

• 如果入职协议内容合法且双方意思表示真实，公司盖章后该协议即具有法律效力。双方应按照协议内容履行各自的义务，否则可能承担违约责任。
• 如果入职协议存在违法内容或意思表示不真实，该协议可能无效或可撤销。受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构确认协议无效或撤销协议，并要求对方承担相应的法律责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。