结论：从法律角度讲，您应当退还超市多充值的金额，否则可能面临法律风险。不过，具体是否需要退还以及如何处理，还需结合实际情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度分析
不当得利原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不当得利是指没有合法根据，使他人受到损失而自己获得了利益。在此情况下，您购买了1000元的卡，但卡里实际有2000元，这多出的1000元就构成了不当得利。
- 超市作为受损方，有权要求您返还这多出的1000元。如果您拒绝返还，超市可以通过法律途径来追讨。
合同关系：
- 您与超市之间形成了一种买卖合同关系。您支付了1000元，超市应提供等值的商品或服务（即卡内应有1000元）。
- 超市多充值的行为，可以视为对合同内容的变更，但这种变更并未得到您的同意。因此，您有权要求超市按照原合同履行，即卡内金额应为1000元，或者您也可以选择接受多充值的金额，但随后应退还超市。
二、实际操作建议
主动退还：
- 鉴于上述法律原则，建议您主动联系超市，说明情况，并退还多充值的1000元。这样做可以避免潜在的法律纠纷，也体现了您的诚信和责任感。
与超市协商：
- 如果您对退还金额或方式有疑问，可以与超市进行协商。例如，您可以询问超市是否愿意以其他方式补偿您（如赠送小礼品或优惠券），以作为您配合退还的感谢。
保留证据：
- 在处理此事时，建议您保留好相关证据，如购物小票、卡内余额截图等。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到重要的证明作用。
三、可能面临的法律后果
民事纠纷：
- 如果您拒绝退还多充值的金额，超市可能会通过民事诉讼来追讨。在诉讼过程中，您需要承担举证责任，证明您没有不当得利或超市存在过错。然而，根据目前的情况，您很难提供这样的证据。
信用影响：
- 拒绝退还多充值的金额还可能对您的个人信用产生负面影响。虽然这不会直接导致法律制裁，但可能会影响您在未来的商业交易或社会活动中的信誉。
最后建议：作为消费者，我们应当遵守法律法规，秉持诚信原则。在遇到类似情况时，主动与商家沟通并解决问题，是维护自身权益和社会秩序的最佳方式。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。