合同约定了违约金，但法院直接驳回的情况是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要结合具体情况来分析。以下是我从多个角度为你详细解析：

1. 违约金约定是否合法有效：

   • 首先，要确认合同中的违约金条款是否合法有效。根据《民法典》的相关规定，违约金条款应当是双方真实意思的表示，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果违约金条款存在无效情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益，或者违约金数额过高、过低显失公平等，法院有权根据实际情况进行调整或驳回。

2. 法院驳回的具体理由：

   • 法院驳回违约金请求，通常会有具体的理由。比如，如果原告（即主张违约金的一方）未能提供充分的证据证明被告存在违约行为，或者虽然存在违约行为，但违约金的数额过高，与实际损失不符，法院可能会根据《民法典》中关于违约金调整的规定，对违约金数额进行调整，甚至直接驳回过高的违约金请求。
   • 另外，如果合同本身存在无效或可撤销的情形，如合同因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，或者因欺诈、胁迫等手段订立而可撤销，那么合同中的违约金条款也将随之无效，法院自然会驳回基于无效合同提出的违约金请求。

3. 法院的自由裁量权：

   • 在违约金问题上，法院享有一定的自由裁量权。这意味着，即使合同中明确约定了违约金，法院也有权根据案件的具体情况，如违约方的过错程度、守约方的实际损失等，对违约金数额进行调整。这种调整旨在平衡双方当事人的利益，确保违约金的数额既不过高也不过低，从而体现公平原则。

4. 当事人的救济途径：

   • 如果法院驳回了违约金请求，当事人并非无计可施。他们可以通过上诉、申请再审等法律途径来维护自己的权益。在上诉或申请再审过程中，当事人需要提供充分的证据和理由来支持自己的主张，以期改变一审或原审的判决结果。

给你的建议：

• 在签订合同时，务必确保违约金条款的合法性和有效性。双方应充分协商，明确违约金的数额和计算方式，并确保其符合法律、行政法规的规定。
• 如果发生违约纠纷，当事人应积极收集证据，证明自己的主张。同时，也要了解法院在违约金问题上的裁量权，合理预期可能的判决结果。
• 如果对法院的判决结果有异议，当事人应及时通过上诉、申请再审等法律途径来维护自己的权益。

总结来说，合同约定了违约金，但法院直接驳回的情况是否合法，取决于违约金条款的合法性、法院驳回的具体理由、法院的自由裁量权以及当事人的救济途径等多个因素。如果你在合同纠纷中遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。