结论前置：协议签字后恶意添加补充条款并据此起诉，这一行为在法律上通常是不合法的，但具体是否违法及法律后果需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同变更的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更应当遵循当事人意思自治原则，即双方应当协商一致，并采用书面形式（除非法律另有规定或当事人另有约定）。若一方在协议签字后，未经对方同意，恶意添加补充条款，这显然违反了合同变更的合法性要求。
   • 恶意添加补充条款可能构成对原合同的篡改，这种行为在法律上是不被认可的。如果因此引发纠纷，法院在审理时，很可能会认定该补充条款无效，因为它没有体现双方的真实意思表示。

2. 起诉的合法性：

   • 起诉是公民、法人或其他组织依法向人民法院提出诉讼请求，要求人民法院对特定案件进行审判的行为。然而，起诉的合法性并不仅仅取决于起诉行为本身，还取决于起诉所依据的事实和法律依据。
   • 在本案例中，如果一方基于恶意添加的补充条款提起诉讼，而该补充条款本身因违反合同变更的合法性要求而被认定无效，那么该起诉行为就可能缺乏合法的事实依据，从而面临被驳回的风险。

3. 可能的法律后果：

   • 如果恶意添加补充条款的一方因此提起诉讼，并试图通过诉讼手段获取不当利益，那么该方可能面临败诉的风险，并需要承担由此产生的诉讼费用等法律责任。
   • 此外，如果恶意添加补充条款的行为构成欺诈或其他违法行为，该方还可能面临更严重的法律后果，如民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

4. 建议与应对措施：

   • 对于另一方而言，如果发现对方在协议签字后恶意添加补充条款，并试图据此起诉，应立即收集相关证据，如原协议文本、签字页、恶意添加的补充条款等，以证明补充条款并非双方真实意思表示。
   • 同时，可以积极与对方沟通协商，寻求和解或调解解决纠纷。如果协商无果，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。

进一步思考：在实际操作中，合同双方应增强法律意识，确保在签订合同时明确约定合同变更的条件和程序。在合同履行过程中，如需变更合同内容，应严格按照约定或法律规定进行协商和书面确认。这样不仅可以避免不必要的纠纷和损失，还可以维护合同的稳定性和权威性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。