核心结论：若职务侵占主动退赃但公司不接受，可从协商、法律途径、考虑公司拒绝原因并针对性解决这三个方向处理。以下是详细说明：

1. 尝试与公司进一步协商
   • 沟通解释：主动与公司相关负责人进行深入沟通，详细说明自己退赃的诚意和目的，强调退赃是为了弥补公司的损失，表明自己已经认识到错误，希望公司能够接受退赃，以减轻对公司造成的伤害。例如，可以诚恳地表达“我深知自己的行为给公司带来了损失，现在真心悔过，退赃是我弥补过错的第一步，希望公司能给我一个改正的机会”。
   • 提出合理方案：如果公司对退赃的方式或时间等存在疑虑，可以根据公司的要求提出合理的解决方案。比如，公司可能担心资金来源的合法性，你可以提供相关的资金来源证明；若公司希望分期退赃，你可以制定一个详细的分期退赃计划，明确每期的退赃金额和时间节点。
2. 考虑通过法律途径解决
   • 刑事层面：职务侵占行为可能涉及刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。主动退赃是法定的从轻或减轻处罚情节。如果公司不接受退赃，你可以在司法机关介入后，向办案机关说明自己主动退赃的情况，并提供相关证据，如退赃的转账记录、物品交接清单等，争取从轻处理。
   • 民事层面：从民事赔偿的角度来看，你的职务侵占行为给公司造成了损失，公司有权要求你进行赔偿。即使公司不接受退赃，你也可以将退赃的款项提存到公证处或相关司法机关。提存后，视为你已经履行了赔偿义务。之后，如果公司通过民事诉讼要求你赔偿损失，你可以提供提存证明，证明自己已经积极履行了赔偿责任。
3. 考虑公司拒绝退赃的原因并针对性解决
   • 内部管理规定：公司可能有严格的内部财务管理制度或退赃处理流程，你的退赃方式不符合这些规定。你可以向公司的财务部门或法务部门了解具体的规定和流程，按照要求重新办理退赃手续。例如，公司可能要求退赃必须通过特定的账户进行转账，或者需要填写特定的退赃申请表等。
   • 对公司影响考虑：公司可能担心接受退赃会引发其他问题，如影响公司形象、引发其他员工的效仿等。你可以向公司承诺会严格保密退赃事宜，并积极配合公司采取措施消除可能产生的不良影响。比如，可以签署保密协议，承诺不向外界透露退赃的具体情况；同时，协助公司对内部管理进行反思和改进，避免类似事件再次发生。