结论：公司是否报案原则上由公司自主决定，但主动退赃并不必然导致公司放弃报案权利，且司法机关仍可能依职权介入。以下从法律角度展开分析：

1. 公司作为被害人的报案权

根据《刑事诉讼法》第110条，任何单位和个人发现犯罪事实或犯罪嫌疑人，有权利也有义务向公安机关报案。公司作为职务侵占的直接受害方，有权选择是否报案，这是其民事权利的体现。若公司明确表示不追究，司法机关通常不会主动介入，但需注意以下例外：

• 数额标准：若职务侵占数额达到《刑法》第271条规定的“数额较大”（通常为6万元以上），即使公司不报案，公安机关也可能依职权立案侦查（实践中存在主动排查经济犯罪的情形）。
• 公共利益：若案件涉及国家利益、社会公共利益（如侵占扶贫资金、公共财产等），司法机关可突破公司意愿启动程序。

2. 主动退赃的法律效果

退赃是犯罪嫌疑人/被告人的量刑情节，而非决定是否立案的法定条件。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》，退赃可酌情从宽处理，但不影响犯罪成立。因此：

• 公司角度：退赃可能促使公司放弃报案（如双方达成和解），但公司仍有权基于内部管理需要（如追责、警示员工）选择报案。
• 司法角度：即使公司不报案，若公安机关已掌握犯罪线索（如审计发现、他人举报），仍可立案侦查，退赃仅影响后续量刑。

3. 实务建议

• 对嫌疑人：若已退赃，建议争取公司出具《谅解书》，并主动向公安机关说明情况，争取取保候审或从轻处理。
• 对公司：若决定不报案，需完善内部处理程序（如辞退、追偿损失），避免因未及时报案导致证据灭失；若决定报案，应同步固定证据（如财务记录、侵占行为证明）。
• 风险提示：若公司接受退赃后未报案，但后续因其他原因（如股东举报、审计披露）案件曝光，嫌疑人仍可能被追责，且退赃可能被认定为“认罪态度好”而非“无罪依据”。

总结：公司是否报案需综合考量利益平衡，退赃是重要协商筹码但非绝对保障。如有具体案件细节，可进一步提供信息以便针对性分析。