关于军队在职文职读研违约赔偿的问题，这主要取决于文职人员与军队之间签订的合同或协议中的具体条款，以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同条款的约定
违约责任条款：
- 军队在职文职人员与军队签订的合同或协议中，通常会包含关于违约责任的条款。这些条款会明确规定，如果文职人员违反合同约定（如未经批准擅自离职读研），需要承担哪些违约责任，包括是否需要支付违约金以及违约金的数额或计算方式。
服务期条款：
- 合同中可能还包含服务期条款，即文职人员需要在军队服务一定年限。如果文职人员在服务期内未经批准离职读研，可能被视为违反服务期约定，从而需要承担相应的违约责任。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 虽然该法主要适用于企业与劳动者之间的劳动关系，但其中关于违约责任、服务期等规定的精神，对于军队文职人员与军队之间的合同关系也有一定的参考价值。特别是关于服务期和违约金的约定，需要遵循公平、合理的原则，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
军队内部规定：
- 军队作为特殊的组织，有其内部的规章制度和管理规定。这些规定可能对文职人员的读研、离职等行为有具体的限制和要求。因此，在判断违约赔偿问题时，还需要考虑军队内部的相关规定。
三、违约赔偿的具体情况
如果合同中有明确约定：
- 如果文职人员与军队签订的合同中明确约定了违约责任和赔偿方式，那么文职人员需要按照合同约定承担违约责任，支付相应的违约金。
如果合同中没有明确约定：
- 如果合同中没有明确约定违约责任和赔偿方式，那么需要根据相关法律法规和军队内部规定来判断。在这种情况下，军队可能无法直接要求文职人员支付违约金，但可以通过其他方式（如扣除工资、奖金等）来弥补损失。不过，这种方式需要遵循法律程序和规定，不能随意进行。
四、建议与注意事项
仔细阅读合同条款：
- 文职人员在签订合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约责任和服务期的约定。确保自己了解并同意这些条款，避免未来因不了解合同内容而产生纠纷。
与军队协商：
- 如果文职人员有读研的打算，建议提前与军队进行沟通协商。了解军队对于文职人员读研的政策和态度，以及是否需要承担违约责任等。通过协商，可以达成双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果文职人员与军队之间因违约赔偿问题产生纠纷，且无法通过协商解决，建议寻求专业的法律帮助。可以咨询律师或相关法律机构，了解自己的权利和义务，以及如何维护自己的合法权益。
综上所述，军队在职文职读研违约赔偿的问题需要根据合同条款和相关法律法规来判断。文职人员在签订合同时应仔细阅读条款，了解自己的权利和义务；在读研前应与军队进行沟通协商，避免产生纠纷；如果产生纠纷且无法协商解决，可以寻求专业的法律帮助。