结论：公司委托培养研究生，员工合同违约赔偿问题需根据具体情况分析，主要涉及违约责任的认定、赔偿范围的确定以及可能存在的免责事由等方面。以下是对该问题的详细解答：
一、违约责任的认定
合同约定：首先，需要查看员工与公司签订的委托培养协议或劳动合同中，是否明确约定了违约责任条款。如果合同中有明确约定，如员工在委托培养期间擅自离职或违反其他约定，需承担违约责任，那么员工在违约时，公司有权依据合同约定要求员工承担违约责任。
法律规定：如果合同中没有明确约定违约责任，或者约定不明确，那么需要依据相关法律法规来认定违约责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
二、赔偿范围的确定
直接损失：公司因员工违约而遭受的直接损失，如已支付的培训费用、因员工离职而导致的项目延误或损失等，通常应纳入赔偿范围。
间接损失：间接损失，如公司因员工违约而失去的商业机会、声誉损害等，虽然难以直接量化，但在某些情况下也可能被纳入赔偿范围。不过，这通常需要公司能够提供充分的证据证明这些损失与员工违约之间的因果关系。
违约金：如果合同中约定了违约金条款，且该违约金数额合理，不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权要求员工支付违约金。但需要注意的是，违约金数额过高或过低的，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
三、可能存在的免责事由
不可抗力：如果员工违约是由于不可抗力因素导致的，如自然灾害、战争等，且员工能够提供充分证据证明其已尽到合理注意义务仍无法避免违约，那么员工可能免除或部分免除违约责任。
公司过错：如果员工违约是由于公司过错导致的，如公司未按照合同约定提供培训条件、未按时支付培训费用等，那么员工可能免除或部分免除违约责任。但员工仍需承担因自身过错导致的部分责任。
四、法律建议
审查合同：公司应仔细审查与员工签订的委托培养协议或劳动合同，确保合同中明确约定了违约责任条款和赔偿范围，以便在员工违约时能够依据合同约定维护自身权益。
收集证据：在员工违约时，公司应及时收集相关证据，如培训费用支付凭证、项目延误或损失证明等，以便在诉讼或仲裁中证明自身损失和员工违约之间的因果关系。
协商解决：在员工违约后，公司可以尝试与员工进行协商解决，通过友好沟通达成赔偿协议，避免不必要的法律纠纷和成本支出。
法律途径：如果协商无果，公司可以通过法律途径维护自身权益，如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，公司应积极配合法院或仲裁机构的工作，提供充分证据证明自身主张。
举例说明：假设某公司与员工签订了一份委托培养协议，约定公司为员工支付研究生学费和生活费，员工在毕业后需在公司工作一定年限。如果员工在毕业前擅自离职，那么公司可以依据合同约定要求员工承担违约责任，包括赔偿已支付的学费和生活费以及可能因员工离职而导致的项目延误或损失等。如果合同中还约定了违约金条款，且该条款合理合法，那么公司还可以要求员工支付违约金。
如有更多关于公司委托培养研究生员工合同违约赔偿的具体问题，可以直接向我咨询。