结论：三方协议被辞退且理由为不能胜任工作时，是否可以要赔偿金，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、三方协议的法律性质与辞退的合法性
三方协议，通常指的是毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议，它具有一定的法律效力，但并非劳动合同。不过，在毕业生到用人单位报到后，三方协议通常会被劳动合同所取代。若用人单位以“不能胜任工作”为由辞退你，首先需确认的是，这一辞退行为是否发生在劳动合同关系下，以及是否符合劳动合同法的相关规定。
若已签订劳动合同：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位以劳动者不能胜任工作为由解除劳动合同的，需满足一定条件，如经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任工作，且需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付劳动者一个月工资（即代通知金）。
- 若用人单位未满足上述条件而直接辞退，则可能构成违法解除劳动合同，你有权要求用人单位支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿金的两倍。经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
若尚未签订劳动合同，仍处于三方协议阶段：
- 三方协议本身并不直接规定辞退和赔偿的具体条款，但可能包含一些关于违约责任的约定。若用人单位以不能胜任工作为由违反三方协议约定辞退你，且三方协议中有相关违约责任条款，你可依据协议要求用人单位承担违约责任。
- 若三方协议中未明确约定辞退和赔偿条款，则可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，此时赔偿金的支付将取决于具体协商结果或法院判决。
二、不能胜任工作的认定与证据
用人单位以“不能胜任工作”为由辞退你，需承担举证责任，证明你确实不能胜任工作。这通常包括：
- 明确的岗位职责和考核标准；
- 你未能达到考核标准的证据；
- 经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任工作的证据（如已签订劳动合同且适用此情形）。
若用人单位无法提供充分证据证明你不能胜任工作，则其辞退行为可能缺乏合法性，你有权要求赔偿。
三、建议与行动
- 收集证据：保留与用人单位沟通的记录、工作成果、考核标准等相关证据，以备不时之需。
- 协商解决：尝试与用人单位协商解决争议，看是否能达成赔偿协议。
- 申请调解或仲裁：若协商无果，可向当地劳动争议调解组织申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼。
最后，三方协议被辞退且理由为不能胜任工作时，是否可以要赔偿金取决于多种因素，包括是否已签订劳动合同、不能胜任工作的认定与证据、以及具体协商或诉讼结果等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。