结论前置：单位以“不能胜任工作”为由辞退员工，是否需要支付补偿金，关键在于辞退行为是否合法。若合法辞退，则需支付经济补偿；若违法辞退，则需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
一、合法辞退情形下的经济补偿
前提条件：
- 员工确实存在不能胜任工作的情况，且单位有充分证据予以证明。这些证据应包括但不限于明确合理的岗位职责要求、员工客观的绩效考核记录等。例如，单位可以提供员工连续多次绩效考核不合格的记录，或者员工因工作失误给单位造成重大损失的证据。
程序要求：
- 在辞退前，单位已对员工进行了培训或调整了工作岗位，且经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作。单位需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。比如，单位可以提供培训签到表、培训内容记录、调岗后的工作表现评估等。
经济补偿标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按三倍数额支付，且最高不超过十二年。
- 计算公式：经济补偿 = 工作年限 × 月工资（月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且最高不超过十二年）。
通知与支付：
- 单位提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。在这种情况下，单位需按照上述经济补偿标准向员工支付经济补偿。
二、违法辞退情形下的赔偿责任
程序不合法：
- 如果单位未按照上述法律规定的程序进行操作，如未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
缺乏证据：
- 若单位无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
赔偿责任：
- 在违法辞退的情况下，单位需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。赔偿金计算基于员工在本单位工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。这里的月工资同样指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 计算公式：赔偿金 = 2 × 经济补偿 = 2 × 工作年限 × 月工资（月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且最高不超过十二年）。
三、特殊情况下的处理
对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的员工，向其支付的经济补偿标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这一规定同样适用于违法辞退时的赔偿金计算。
四、总结与建议
单位在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。同时，单位应严格按照法律规定的程序进行操作，以避免不必要的法律纠纷和经济赔偿。若单位对辞退程序或经济补偿标准存在疑问，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。