用人单位以不能胜任工作为由辞退员工，应当支付经济补偿金，而非赔偿金。我们对此进行详细分析：

一. 经济补偿金的支付情形

1. 根据《劳动合同法》第四十条的规定：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：……（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；……”。此条款明确说明了，在劳动者不能胜任工作且经过培训或调整岗位后仍不能胜任的情况下，用人单位可以解除劳动合同。
2. 同时，《劳动合同法》第四十六条规定：“有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：……（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；……”。这意味着，当用人单位依据第四十条的规定（包括劳动者不能胜任工作的情况）解除劳动合同时，需要支付经济补偿金。

二. 赔偿金与经济补偿金的区别

1. 赔偿金通常用于赔偿因用人单位的违法行为给劳动者造成的损失，如未签订劳动合同、违法解除劳动合同等。
2. 经济补偿金则是在劳动合同解除或终止时，如果符合法定情形，用人单位需要支付给劳动者的补偿。
3. 在本题中，用人单位以不能胜任工作为由辞退员工，且按照《劳动合同法》的规定进行了操作，因此应当支付的是经济补偿金，而非赔偿金。

综上所述，用人单位以不能胜任工作为由辞退员工时，应当支付经济补偿金。经济补偿金的具体数额根据劳动者在本单位工作的年限和月工资标准来计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。