在劳动争议案件中，用人单位对考勤记录负有举证责任，这一规定主要基于《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条。以下是对此问题的详细解析：
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。这一条款明确规定了用人单位在劳动争议中的举证责任，特别是当证据由其掌握管理时，用人单位有义务提供，否则将承担不利后果。
具体适用场景：
- 考勤记录争议：当劳动者与用人单位就考勤记录（如加班、缺勤等）发生争议时，用人单位需要提供考勤记录作为证据。如果用人单位无法提供或拒绝提供考勤记录，仲裁机构或法院可能会根据劳动者的主张及现有证据作出对用人单位不利的裁决或判决。
- 工资支付争议：虽然工资支付争议主要涉及工资数额和支付时间，但考勤记录也是确定工资支付的重要依据之一。例如，在计算加班费时，考勤记录是确定加班时间的关键证据。因此，在工资支付争议中，用人单位也可能需要提供考勤记录作为辅助证据。
法律后果与指导意义：
- 法律后果：如果用人单位不履行举证责任，可能会面临不利的法律后果。仲裁机构或法院可能会根据劳动者的主张及现有证据作出对用人单位不利的裁决或判决，如认定用人单位存在拖欠工资、未支付加班费等违法行为。
- 指导意义：这一规定提醒用人单位在日常管理中应更加规范，确保考勤记录的完整保存与及时提供。同时，劳动者在遇到劳动争议时，也应积极收集和保留相关证据，以维护自己的合法权益。
实践建议：
- 用人单位：应建立完善的考勤管理制度，确保考勤记录的准确性和完整性。同时，在劳动争议发生时，应积极配合仲裁机构或法院的调查取证工作，及时提供相关证据。
- 劳动者：在遇到劳动争议时，应注意留存与争议事项有关的证据，如考勤记录、工资条等。如果用人单位拒绝提供考勤记录等关键证据，劳动者可以向仲裁机构或法院申请调查取证。
总结来说，在劳动争议案件中，用人单位对考勤记录负有举证责任。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动争议的公正处理。如果您在劳动争议中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。