工厂因员工违反规定而扣除工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法扣除工资的情形：

   • 法定扣除：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工厂在特定情况下有权扣除员工工资，如员工因个人原因造成工厂经济损失，且工厂能证明该损失与员工行为有直接因果关系，同时扣除的工资数额不超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。但这种情况下的扣除并非基于“违反规定”，而是基于员工给工厂造成的实际损失。
   • 约定扣除（需合法合理）：若工厂与员工在劳动合同中明确约定了某些违规行为的处罚措施，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么工厂在员工违反这些约定时，有权按照约定扣除工资。但此类约定必须明确、具体，且不得过度剥夺员工的合法权益。

2. 不合法扣除工资的情形：

   • 无合法依据扣除：若工厂仅以员工违反内部规定（非法律法规或劳动合同明确约定）为由，随意扣除工资，且无法提供合法依据，则这种扣除行为是不合法的。例如，工厂以员工迟到、早退等轻微违规行为为由，直接扣除工资，而劳动合同中并未对此作出明确约定，或约定违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除就是违法的。
   • 超额扣除：即使工厂有合法依据扣除工资，如员工给工厂造成经济损失，但扣除的工资数额超过了员工当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除也是不合法的。

3. 员工权益保护：

   • 若员工认为工厂扣除工资的行为不合法，首先可与工厂进行协商，要求工厂提供扣除工资的合法依据，并说明扣除的具体数额和计算方式。
   • 若协商不成，员工有权向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如工资条、劳动合同、工厂内部规定等，以证明工厂扣除工资的行为不合法。

总结与建议： 工厂因员工违反规定而扣除工资是否合法，关键在于扣除行为是否有明确的法律依据或劳动合同约定，且扣除的数额和方式是否合法合理。若员工认为工厂扣除工资的行为不合法，应积极与工厂协商，或寻求法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。