历史产生的出让金违约金，一般由自然资源主管部门负责催缴。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律依据与职责划分
   根据《中华人民共和国城市房地产管理法》《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等规定，土地出让金的征收、管理主体为县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源部门）。若受让人未按合同约定缴纳出让金，自然资源主管部门有权依据合同约定或法律规定催缴违约金。例如，《民法典》第五百七十七条明确，违约方需承担继续履行、赔偿损失等责任，而自然资源部门作为合同一方（出让人代表），可直接行使催缴权。

2. 合同相对性原则
   土地出让合同是政府（出让人）与受让人之间签订的行政协议，违约金条款属于合同内容。根据合同相对性，催缴主体应为合同签订方或其授权部门。实践中，自然资源主管部门作为政府代表签订合同，自然承担催缴职责。若合同明确约定其他部门（如财政部门）参与催缴，则需按约定执行，但此类情况较少见。

3. 特殊情形下的协同机制
   若违约金催缴涉及司法程序（如申请强制执行），自然资源主管部门可能需与法院、财政部门协同。例如，根据《行政强制法》第五十三条，行政机关可申请法院强制执行未履行的行政决定（包括违约金缴纳），此时法院成为执行主体，但催缴的初始责任仍在自然资源部门。

建议与风险提示

• 若您是出让方（政府），需完善合同条款，明确违约金计算方式、催缴程序及争议解决机制，避免因条款模糊导致执行困难。
  
• 若您是受让方，建议及时履行出让金缴纳义务，避免违约金累积；若对违约金金额有异议，可依据《行政诉讼法》第十二条提起行政诉讼，要求调整不合理条款。
  

如有具体案件或合同文本需要分析，可直接向我提供细节，我将结合地方性法规进一步解答。