自然资源部门的生态环境损害赔偿线索案件，一般由生态环境部门会同相关部门进行查处，同时自然资源部门在自身职责范围内也会参与相关工作。以下从不同角度为你详细分析：

从部门职责划分角度

• 生态环境部门的主导作用：生态环境部门在生态环境损害赔偿线索案件查处中通常处于主导地位。这是因为生态环境部门具备专业的环境监测、评估和执法能力，能够对环境污染行为进行全面的调查和认定。例如，在某企业非法排放废水导致河流污染的案件中，生态环境部门会首先接到举报或通过监测发现线索，然后组织专业人员对污染范围、程度进行评估，确定污染源和责任主体。
• 自然资源部门的配合职责：自然资源部门主要负责自然资源的保护和合理利用。在生态环境损害赔偿线索案件中，如果涉及土地、矿产、森林、草原等自然资源的破坏，自然资源部门会在自身职责范围内参与查处工作。比如，在非法采矿导致土地塌陷和生态破坏的案件中，自然资源部门会对非法采矿行为进行认定，评估对土地资源的破坏程度，并提供相关的专业意见和技术支持。

从案件查处流程角度

• 线索发现与初步调查：生态环境损害赔偿线索可能来源于多种渠道，如群众举报、环境监测数据异常、媒体报道等。自然资源部门和生态环境部门在接到线索后，会共同开展初步调查工作。自然资源部门重点调查自然资源是否受到破坏以及破坏的程度，生态环境部门则侧重于调查环境污染的情况和影响范围。例如，在某地区发现一处疑似非法倾倒危险废物的场地，自然资源部门会调查该场地土地的使用情况和是否受到污染损害，生态环境部门会对危险废物的种类、数量和对周边环境的污染程度进行调查。
• 联合执法与责任认定：在初步调查的基础上，如果发现存在生态环境损害行为，自然资源部门和生态环境部门会联合其他相关部门开展执法行动。在执法过程中，各部门会按照各自的职责分工，收集证据、固定现场。对于责任主体的认定，需要综合考虑多个因素，包括污染行为的实施者、自然资源破坏的直接责任人等。自然资源部门和生态环境部门会根据各自的调查结果，共同出具责任认定报告。例如，在某化工企业超标排放废气导致周边大气污染和农作物受损的案件中，生态环境部门认定企业的排放行为违反了环保法律法规，自然资源部门认定企业的排放行为对周边的土地和农作物造成了损害，最终共同确定该企业为责任主体。
• 赔偿协商与诉讼：在责任认定后，自然资源部门和生态环境部门会代表国家与责任主体进行赔偿协商。如果协商不成，会依法向人民法院提起诉讼，要求责任主体承担生态环境损害赔偿责任。在赔偿协商和诉讼过程中，自然资源部门和生态环境部门会提供相关的证据和专业技术支持，确保赔偿金额能够合理弥补生态环境损害的损失。例如，在某河流污染案件中，经过专业评估，确定生态环境损害赔偿金额为数百万元。生态环境部门和自然资源部门与企业进行多次协商，最终企业同意按照评估金额进行赔偿。如果企业拒绝赔偿，两部门会向法院提起诉讼，通过法律途径维护国家利益和生态环境公共利益。

从法律依据角度

• 《生态环境损害赔偿管理规定》：该规定明确了生态环境损害赔偿的适用范围、工作原则、任务分工等内容。其中规定，国务院授权的省级、市地级政府作为本行政区域内生态环境损害赔偿权利人，指定相关部门或机构负责生态环境损害赔偿具体工作。生态环境部门会同相关部门负责组织实施生态环境损害调查、鉴定评估、修复方案编制等工作。自然资源部门在涉及自然资源损害的案件中，会按照规定参与相关工作。
• 其他相关法律法规：如《环境保护法》《土地管理法》《矿产资源法》等法律法规，也为自然资源部门和生态环境部门在生态环境损害赔偿线索案件查处中提供了法律依据和职责划分。这些法律法规明确了各部门在自然资源保护和生态环境监管方面的职责和权力，确保在案件查处过程中各部门能够依法履行职责，协同合作。

如果你在自然资源部门的生态环境损害赔偿线索案件查处方面还有其他疑问，或者遇到了相关的法律问题，欢迎直接向我咨询。