生态损害赔偿成本调查的责任主体并非单一，而是根据具体情况由不同的主体来负责。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 直接的污染者或破坏者

   • 责任依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千二百二十九条，因污染环境、破坏生态造成他人损害的，侵权人应当承担侵权责任。这意味着，直接的污染者或破坏者，如企业或个人，在因其行为导致生态环境损害时，需要承担赔偿成本调查的责任。
   • 具体情形：例如，一家化工企业因违规排放废水导致周边河流生态系统受损，那么这家企业就需要负责赔偿成本调查，包括评估损害程度、确定修复方案及费用等。

2. 第三方治理机构

   • 责任依据：在企业委托第三方治理机构处理污染物的情况下，若第三方因过错导致生态环境损害，根据相关合同约定和法律规定，第三方治理机构也需承担赔偿责任，这自然包括赔偿成本调查的责任。
   • 具体情形：如某企业将污水处理业务委托给环保公司，若环保公司处理不当导致污水直接排放，造成水体污染，那么环保公司作为第三方治理机构，就需要负责进行赔偿成本调查。

3. 政府相关部门

   • 在某些情况下：政府相关部门，如生态环境主管部门，可能负责组织或监督生态损害赔偿成本调查。这通常发生在损害范围广泛、影响重大，或者涉及多个责任主体时。政府部门的介入可以确保调查的公正性、科学性和全面性。
   • 具体职责：政府部门可能负责制定调查方案、组织专家进行评估、监督调查过程等，以确保赔偿成本调查的准确性和有效性。

4. 其他相关责任人

   • 特殊情况：在特殊情况下，与生态环境损害事件相关的其他主体，如存在管理疏忽的相关单位或个人，也可能被要求参与或负责部分赔偿成本调查工作。这取决于其是否尽到监管职责以及行为与损害结果的因果关系。
   • 具体情形：例如，某地方政府部门对生态保护负有监管职责，但因监管不力导致企业违法排污未被发现和制止，最终造成生态环境损害。此时，该政府部门可能需根据其过错程度承担相应的责任，包括参与赔偿成本调查。

在实际操作中，生态损害赔偿成本调查的责任主体可能因具体情况而异。有时，多个主体可能共同承担调查责任，以确保调查的全面性和准确性。因此，在确定责任主体时，需要综合考虑行为的性质、损害的程度、因果关系的判断以及法律法规的规定。

建议：如果您面临生态损害赔偿成本调查的问题，建议首先明确损害的具体情况和责任主体，然后根据相关法律法规和合同约定，与责任主体进行协商或通过法律途径解决。如有需要，您可以随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。