针对您提出的“生态损害赔偿复杂案件怎么办以及哪些部门参加”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、生态损害赔偿复杂案件的处理方式
建立完善工作流程：
- 对于生态损害赔偿复杂案件，首先需要建立一套科学、规范、高效的工作流程。这包括从线索发现、调查取证、鉴定评估、磋商索赔到修复治理的每一个环节，都需要有明确的工作要求和时间节点。
- 在接到生态环境损害线索后，应迅速启动调查程序，组织专业人员开展现场勘查、采样监测等工作，确保第一时间固定证据。
成立鉴定评估小组：
- 对于相对复杂但损害事实明确、责任认定无争议的案件，可以成立专门的鉴定评估小组。该小组由相关领域的专家组成，负责根据案件相关法律文书、监测报告等资料，综合评定案件对生态环境造成的影响，并出具鉴定评估意见。
强化部门联动与协作：
- 生态损害赔偿复杂案件往往涉及多个领域和部门，因此需要加强与司法、自然资源、农业农村、水利、林业等部门的沟通协调，建立信息共享、联合办案机制，形成工作合力。
- 通过召开联席会议、通报工作进展情况、协调解决工作中存在的问题等方式，确保各部门在案件处理过程中能够密切配合、协同作战。
规范修复标准与监督责任：
- 对于需要修复的生态环境损害案件，应明确修复效果评估指标，并引入第三方机构开展独立验收，确保修复质量。
- 同时，加强对修复过程的监督和管理，确保修复工作按照既定标准和要求进行。
二、参与生态损害赔偿复杂案件的部门
在处理生态损害赔偿复杂案件时，通常需要以下部门的参与和协作：
生态环境部门：
- 作为生态环境损害赔偿工作的主管部门，负责案件的线索发现、调查取证、鉴定评估、磋商索赔以及修复治理等工作的组织和协调。
司法部门：
- 包括法院和检察院，负责生态环境损害赔偿案件的司法审判和法律监督工作。在案件处理过程中，司法部门可以提供法律支持和指导，确保案件处理依法有序进行。
自然资源部门：
- 负责自然资源的管理和保护工作。在生态损害赔偿案件中，自然资源部门可以提供相关资源的数据和信息，协助开展鉴定评估和修复治理工作。
农业农村部门：
- 负责农业和农村环境的保护工作。在涉及农业生态环境损害的案件中，农业农村部门可以提供专业的技术支持和指导。
水利部门：
- 负责水资源的保护和管理工作。在涉及水生态环境损害的案件中，水利部门可以提供相关的数据和信息，协助开展鉴定评估和修复治理工作。
林业部门：
- 负责森林资源的保护和管理工作。在涉及森林生态环境损害的案件中，林业部门可以提供专业的技术支持和指导。
其他相关部门：
- 根据案件的具体情况和需要，还可能涉及公安、城管、住建等其他部门的参与和协作。
三、实际案例参考
以全南县某山体废渣垮塌损害生态环境案件为例，该案件涉及多个部门的协作和配合。在案件处理过程中，生态环境、检察院、自然资源、林业、农业农村、水利等部门联动协作，以部门监督跟进、企业自行修复的方式，成功完成了废渣清运、复垦、复绿等工作。这一案例充分展示了多部门协同配合在处理生态损害赔偿复杂案件中的重要作用。
综上所述，处理生态损害赔偿复杂案件需要建立完善的工作流程、成立鉴定评估小组、强化部门联动与协作以及规范修复标准与监督责任。同时，需要生态环境、司法、自然资源、农业农村、水利、林业等多个部门的参与和协作。希望这些解答能够对您有所帮助。