若起诉案件中原告和被告所持合同不一致，需根据不同情况采取相应策略，核心在于通过证据审查、法律适用及诉讼技巧来维护自身权益，具体分析如下：

1. 合同真实性争议
   若双方对合同真实性存在争议（如一方主张合同被篡改、伪造），需通过司法鉴定程序解决。根据《民事诉讼法》第七十六条，当事人可申请法院委托鉴定机构对合同文本的笔迹、形成时间、印章真实性等进行鉴定。鉴定结论将作为认定合同效力的关键证据。例如，若鉴定显示被告持有的合同系后期伪造，法院将采信原告合同作为裁判依据。

2. 合同版本冲突
   若双方均认可合同真实性，但主张不同版本（如原告持书面合同，被告持电子合同），需审查合同成立要件。根据《民法典》第四百六十九条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。若电子合同符合《电子签名法》要求（如可靠电子签名），亦具有法律效力。此时需结合合同履行情况（如付款记录、交货凭证）综合判断哪份合同实际履行。

3. 合同条款解释争议
   若合同文本一致但条款解释存在分歧，需适用合同解释规则。根据《民法典》第四百六十六条，对合同条款的理解有争议的，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。例如，若合同约定”货物质量符合国家标准”，但未明确具体标准版本，需结合行业惯例及合同目的进行解释。

4. 补充协议效力认定
   若一方主张存在口头补充协议，需承担举证责任。根据《民法典》第四百六十九条，口头合同在法律允许的范围内有效，但证明难度较高。此时需收集履行行为证据（如聊天记录、邮件往来）佐证口头协议存在。若无法证明，法院可能仅以书面合同为准。

实务建议：

• 立即固定证据：对双方持有的合同进行公证或通过律师见证，防止证据灭失；
  
• 申请证据保全：若合同原件在对方控制下，可依据《民事诉讼法》第八十四条申请法院调取；
  
• 准备履行证据：收集与合同履行相关的发票、物流单、验收报告等材料，证明实际履行情况；
  
• 关注诉讼时效：自知道权益受损之日起三年内提起诉讼，避免因时效问题败诉。
  

若涉及涉外合同或特殊交易（如融资租赁、保理），还需考虑冲突规范及行业监管规则。具体案件需结合证据材料分析，如有疑问可直接向我咨询。