村干部扣除护林员工资是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果护林员与村集体（或相关组织）签订了劳动合同或聘用协议，并且合同中明确规定了工资支付条件、扣除工资的情形及程序，那么村干部在符合合同约定的情况下扣除工资，可能是合法的。例如，合同中约定护林员若未履行职责导致森林受损，需承担一定比例的赔偿责任，此时扣除工资作为赔偿可能是合理的。
- 若合同中没有明确规定扣除工资的情形，或者扣除工资的行为违反了合同约定，那么村干部扣除工资就是不合法的。护林员有权要求村集体按照合同约定支付全额工资，并可能通过法律途径维护自己的权益。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的正当理由，否则村干部不得随意扣除护林员的工资。
- 如果村干部扣除工资的行为没有法律依据或合同依据，那么这种行为就是违法的。护林员可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
实际操作角度：
- 在实际操作中，村干部扣除护林员工资的情况可能比较复杂。有时可能是因为护林员确实存在工作失误或违规行为，村干部为了管理需要而采取扣除工资的措施。然而，即使在这种情况下，村干部也应当遵循合法、合理的原则，确保扣除工资的行为有明确的依据和程序。
- 如果村干部在扣除工资时没有遵循合法程序，或者扣除的金额过高、不合理，那么这种行为也可能被视为违法或不当。护林员有权对此提出异议，并要求村集体进行解释和纠正。
建议：
- 对于护林员来说，如果发现自己的工资被无故扣除，首先应当查看与村集体签订的合同或协议，了解工资支付和扣除的相关规定。
- 如果认为扣除工资的行为不合法或不合理，可以与村干部进行沟通协商，要求解释扣除的原因和依据。
- 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
总结：村干部扣除护林员工资是否合法，取决于合同约定、法律法规以及实际操作中的具体情况。护林员在遇到此类问题时，应当保持冷静，了解自己的权益和义务，并通过合法途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。