若双方已达成和解，但申请人不解除强制执行措施，被执行人可采取以下措施维护自身权益：

1. 主动沟通，明确原因
   首先建议被执行人与申请人直接沟通，了解其未解除强制执行的具体原因。例如，可能存在以下情况：

   • 申请人对和解协议的履行存在疑虑（如担心被执行人未按约定支付款项）；
     
   • 申请人因疏忽或操作流程不熟悉未及时申请解除；
     
   • 双方对和解协议的条款理解存在分歧（如对“履行完毕”的标准认定不一致）。
     通过沟通明确原因后，可针对性解决问题（如补充履行证据、协助申请人办理手续等）。

2. 向法院提交书面异议，申请解除强制执行
   若沟通无果，被执行人可依据《民事诉讼法》第232条（或对应地区司法解释）向执行法院提交《执行异议申请书》，主张：

   • 和解协议已实际履行：提供转账记录、收据、书面确认函等证据，证明已按约定完成义务；
     
   • 申请人拒不解除执行无合法依据：强调强制执行措施的继续存在缺乏法律基础，可能损害被执行人合法权益（如冻结账户影响正常经营）。
     法院审查后，若认定异议成立，会裁定解除强制执行措施。

3. 申请法院介入协调或主持和解履行确认
   部分法院提供“执行和解履行确认”程序，被执行人可申请法院组织双方对和解协议履行情况进行确认。若申请人无正当理由拒绝配合，法院可能直接依据被执行人提交的证据认定履行完毕，并解除执行措施。

4. 追究申请人滥用执行权利的法律责任（极端情况）
   若申请人明知和解协议已履行，仍恶意不解除执行措施，导致被执行人财产损失（如账户长期冻结产生的利息损失、经营机会丧失等），被执行人可另行起诉申请人，主张其承担侵权赔偿责任。需注意：此路径需充分证明申请人存在主观恶意及实际损失，举证难度较高，建议作为最后手段。

实务建议：

• 签订和解协议时，务必明确约定“履行完毕后申请人需在X日内申请解除执行措施”，并约定违约责任（如逾期解除需赔偿损失）；
  
• 履行过程中保留完整证据（如付款凭证、沟通记录、第三方见证等），避免因证据不足陷入被动；
  
• 若涉及大额财产或复杂纠纷，建议在律师协助下起草和解协议并跟进履行流程，降低后续风险。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。