如果员工仲裁公司，而公司拿不出证据，这通常意味着在仲裁过程中，公司可能面临不利的裁决结果。不过，具体影响还需根据证据缺失的具体情况以及仲裁请求的内容来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、证据缺失对仲裁结果的影响
举证责任原则：
- 在劳动仲裁中，通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。即提出仲裁请求的一方（通常是员工）需要提供证据来支持其主张。然而，在某些情况下，如涉及公司规章制度、工资支付记录等，公司也可能需要承担一定的举证责任。
- 如果公司无法提供必要的证据来反驳员工的主张或支持自己的抗辩，仲裁庭可能会倾向于采纳员工提供的证据，从而对公司作出不利的裁决。
证据缺失的具体情形：
- 完全缺失：如果公司完全无法提供与仲裁请求相关的任何证据，仲裁庭可能会直接认定员工的主张成立。
- 部分缺失：如果公司只能提供部分证据，而无法提供完整证据链来支持其抗辩，仲裁庭可能会根据现有证据进行综合判断，并可能对公司作出部分不利的裁决。
二、公司应如何应对证据缺失的情况
积极搜集证据：
- 在仲裁过程中，公司应尽一切可能搜集与仲裁请求相关的证据，包括但不限于合同、工资单、考勤记录、公司规章制度等。
- 如果某些证据确实无法获取，公司应向仲裁庭说明情况，并尝试提供其他间接证据来支持其抗辩。
利用法律程序：
- 如果公司认为员工提供的证据存在瑕疵或不足，可以在仲裁过程中提出异议，并要求仲裁庭对证据进行审查。
- 在某些情况下，公司还可以申请延期举证或申请仲裁庭调查取证，以获取更多有利于自己的证据。
考虑和解或调解：
- 如果公司确实面临证据缺失的困境，且仲裁结果可能对公司不利，可以考虑与员工进行和解或调解。通过协商达成一致意见，可以避免仲裁结果对公司造成更大的损失。
三、可能的法律后果
不利裁决：
- 如果公司无法提供足够的证据来支持其抗辩，仲裁庭可能会作出对公司不利的裁决，包括但不限于支付工资、经济补偿金、赔偿金等。
执行风险：
- 如果公司不履行仲裁裁决，员工可以向人民法院申请强制执行。这将对公司造成更大的经济压力和声誉损失。
四、建议与提醒
- 日常管理：公司应加强日常管理，完善各项规章制度和记录保存制度，确保在发生劳动纠纷时能够提供充分的证据来支持自己的抗辩。
- 法律咨询：在面临劳动仲裁时，公司应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，并制定合理的应对策略。
总之，如果员工仲裁公司而公司拿不出证据，公司应积极搜集证据、利用法律程序、考虑和解或调解等方式来应对。同时，公司也应加强日常管理，完善证据保存制度，以降低未来发生劳动纠纷时的风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。