结论前置：机关事业单位中并不存在一个法律上明确界定的“自动离职”制度，但员工未经批准擅自离岗且达到一定条件时，单位可以依据相关法律法规和内部规章制度单方面解除聘用关系。

一、关于“自动离职”的法律界定

在机关事业单位中，“自动离职”并非一个严格的法律概念。它通常指的是员工未经单位批准或未履行相关手续，擅自离开工作岗位，且单位根据规章制度或聘用合同规定，在特定情况下（如连续或累计旷工达到一定天数）单方面解除聘用关系的情形。这种解除聘用关系的行为，虽然可能被通俗地称为“自动离职”，但实际上是基于单位对员工行为的合法处理。

二、机关事业单位员工离职的法律规定

1. 正常离职程序：

   • 机关事业单位员工想要离职时，应提前向单位提交书面辞职申请，并按照单位的规定办理相关的离职手续。具体流程和时间要求可能因单位而异，因此建议员工在离职前仔细阅读单位的相关规章制度或与人事部门咨询。

2. 擅自离职的处理：

   • 若员工未经批准擅自离职，单位将根据自身的规章制度和劳动法律法规的规定采取相应的处理措施。这些措施可能包括视为旷工、解除劳动合同等。例如，根据《关于在事业单位试行人员聘用制度意见》的规定，受聘人员连续旷工超过10个工作日或者1年内累计旷工超过20个工作日的，聘用单位可以随时单方面解除聘用合同。这是单位解除聘用关系的重要依据，也是很多单位认定自动离职的参照标准。

三、员工擅自离职的法律后果

1. 解除劳动合同：

   • 单位将解除与员工的人事关系，员工失去工作岗位及相应工资、福利待遇。

2. 档案记录：

   • 人事档案中可能记录自动离职情况，对员工未来就业产生负面影响。

3. 社保与公积金断缴：

   • 单位停止为员工缴纳社保和公积金，可能导致医保、养老等权益受损。

4. 无法享受离职补偿：

   • 自动离职通常被视为员工主动放弃工作，因此可能无法获得离职补偿或相关福利待遇。

四、单位处理擅自离职的程序

1. 确认擅自离职条件：

   • 根据单位规章制度及法律法规，确认员工是否满足擅自离职条件，如连续旷工或累计旷工达到规定天数。

2. 通知与送达：

   • 书面通知员工限期返岗，并告知逾期不返岗的后果。确保通知有效送达，保留邮寄凭证。

3. 办理工作交接：

   • 员工需与单位办理工作交接，包括交接工作资料、说明工作进度、归还单位财物等。

4. 人事关系解除与档案转移：

   • 单位出具解除聘用合同证明，并及时办理档案和社会保险关系转移手续。

5. 保存劳动合同文本：

   • 用人单位对已解除或终止的劳动合同文本，至少保存二年备查。

五、员工权益保护与争议解决

1. 权益保护：

   • 员工认为单位对其擅自离职认定存在错误或处理过程中侵犯其合法权益时，有权通过合法途径维权。

2. 沟通协商：

   • 首先应与单位进行沟通协商，尝试解决问题。

3. 人事争议仲裁：

   • 协商不成时，可向当地人事争议仲裁机构申请仲裁。

4. 诉讼：

   • 对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。

六、建议与注意事项

1. 了解内部规章制度：

   • 员工应仔细阅读并了解单位的内部规章制度，明确擅自离职的条件和处理方式。

2. 遵守离职程序：

   • 员工在离职时应尽量与单位协商解决，并遵守相关法律法规和单位规章制度，避免不必要的纠纷。

3. 保留证据：

   • 在离职过程中，员工应保留好相关证据，如辞职申请、通知回执、工作交接单等，以备不时之需。

总结：机关事业单位中并不存在一个法律上明确界定的“自动离职”制度，但员工未经批准擅自离岗且达到一定条件时，单位可以依据相关法律法规和内部规章制度单方面解除聘用关系。员工在离职时应遵守相关法律法规和单位规章制度，避免擅自离职行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。