结论：员工个人借款与公司是否可以扣工资是两个独立的法律关系，一般情况下公司不能直接扣工资来抵偿员工个人借款，但在特定条件下可能存在例外。
- 员工借款与公司工资支付的法律关系
员工向公司借款，这属于员工与公司之间的借贷法律关系。而工资是员工基于与公司之间的劳动关系，按照劳动合同约定和法律规定所应获得的劳动报酬。这两者分属不同的法律范畴，具有不同的法律性质和权利义务关系。
从法律原则上讲，公司不能随意将员工的工资用于抵偿其个人借款。因为工资是员工的基本生活保障，受到法律的严格保护。公司如果未经员工同意，擅自扣减工资，可能构成违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资，并可能要求公司承担相应的法律责任。
- 特定条件下的例外情况
尽管一般情况下公司不能直接扣工资来抵偿员工个人借款，但在某些特定条件下，可能存在例外。例如：
- 员工同意：如果员工明确同意公司可以从其工资中扣减一定金额来抵偿借款，并且这种同意是在自愿、平等、协商一致的基础上作出的，那么公司可以按照员工的同意进行扣减。但需要注意的是，这种扣减应当符合法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。
- 劳动合同或规章制度约定：如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了员工借款未还时，公司可以从其工资中扣减一定金额来抵偿借款，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司也可以按照约定进行扣减。但同样需要注意的是，这种扣减应当合理、合法，并且不能侵犯员工的最低工资保障等合法权益。
- 法律程序：在极端情况下，如果员工借款未还且数额较大，公司可以通过法律程序（如起诉、申请强制执行等）来追讨借款。在法律程序得到支持并执行的情况下，公司可能会从员工的工资或其他财产中扣减相应金额来抵偿借款。但这种情况需要严格遵循法律程序，并且不能侵犯员工的合法权益。