结论：超市因漏扫对顾客罚款4000元的行为，在大多数情况下是不合理的，且可能涉嫌违法。 以下从多个角度进行分析：
一、超市罚款的法律依据与合理性
超市无权自行罚款：
- 根据我国相关法律规定，罚款属于行政处罚的一种，只有国家行政机关（如工商、税务、公安等）在法定权限内才有权实施。超市作为经营主体，并不具备行政处罚权，因此其自行对顾客进行罚款的行为缺乏法律依据。
罚款金额的合理性：
- 即便超市与顾客之间存在某种形式的“约定”或“规则”，规定漏扫商品需支付高额罚款，这种约定也往往因显失公平而无效。罚款金额应当与漏扫商品的实际价值、超市因此遭受的损失等相匹配，4000元的罚款对于漏扫1009元的商品来说，显然过高，不合理。
二、超市可能采取的合法措施
要求补交货款：
- 超市发现顾客漏扫商品后，最合理的做法是要求顾客补交漏扫商品的货款。这是超市维护自身权益的合法方式，也符合公平交易的原则。
报警处理：
- 如果顾客拒绝补交货款或存在其他违法行为（如盗窃），超市可以选择报警处理。由公安机关依法对顾客进行调查和处理，这是超市维护自身权益的合法途径。
三、顾客的权益与应对措施
拒绝不合理罚款：
- 顾客有权拒绝超市提出的不合理罚款要求。如果超市坚持要求罚款，顾客可以明确表示拒绝，并告知超市其罚款行为缺乏法律依据。
投诉与举报：
- 顾客可以向当地消费者协会、市场监管部门等投诉超市的不合理罚款行为。这些部门有权对超市的违法行为进行调查和处理，保护消费者的合法权益。
法律途径：
- 如果超市的罚款行为给顾客造成了经济损失或名誉损害，顾客还可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，向法院提起诉讼，要求超市赔偿损失、恢复名誉等。
四、实际案例与法律后果
- 在实际生活中，已经有多起超市因不合理罚款而被消费者投诉或起诉的案例。这些案例中，法院往往判决超市退还罚款、赔偿损失，并可能对超市的违法行为进行处罚。因此，超市应当谨慎对待罚款问题，避免因小失大。
总结与建议：超市因漏扫对顾客罚款4000元的行为是不合理的，且可能涉嫌违法。超市应当采取合法措施维护自身权益，如要求补交货款或报警处理。顾客则有权拒绝不合理罚款要求，并通过投诉、举报或法律途径维护自己的权益。如果您在遇到类似情况时有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。