医疗纠纷司法鉴定被退三次后，法院通常会根据具体情况采取以下处理方式：

1. 审查鉴定退回原因：

   • 法院会首先审查鉴定机构退回鉴定的具体原因。这些原因可能包括但不限于：鉴定材料不完整、鉴定要求超出机构技术条件或鉴定能力、当事人对鉴定材料有争议且无法达成一致等。
   • 法院会仔细分析这些原因，判断是否属于可以克服的障碍，或者是否需要进一步补充材料、调整鉴定要求等。

2. 要求当事人补充材料或协商：

   • 如果鉴定退回是因为鉴定材料不完整或存在争议，法院可能会要求当事人补充相关材料，或者组织当事人进行协商，以达成对鉴定材料的共识。
   • 在某些情况下，法院也可能直接指定或委托其他有资质的鉴定机构进行鉴定，以避免因单一机构的问题导致鉴定无法进行。

3. 考虑终止鉴定程序或直接判决：

   • 如果经过多次尝试仍无法完成鉴定，且鉴定对于案件的处理至关重要，法院可能会考虑终止鉴定程序，并根据现有证据和法律规定进行判决。
   • 在某些特殊情况下，如果鉴定并非案件处理的必要条件，或者法院认为即使没有鉴定结果也能根据其他证据作出公正判决，法院可能会直接作出判决，而不再坚持进行鉴定。

4. 引导当事人通过其他途径解决争议：

   • 如果鉴定确实无法进行，且双方当事人对争议事实存在较大分歧，法院可能会引导当事人通过调解、仲裁等其他途径解决争议。
   • 法院也可以建议当事人寻求专业医疗咨询或评估机构的帮助，以获取更专业的意见和建议，从而协助双方达成和解或妥协。

特殊情形下的处理：

• 鉴定机构存在过错：如果鉴定机构因自身原因（如技术不足、疏忽大意等）导致鉴定无法完成，且该过错对案件处理产生了实质性影响，法院可能会对鉴定机构进行相应的处理或制裁，并考虑重新委托其他鉴定机构进行鉴定。
• 当事人恶意阻碍鉴定：如果当事人存在恶意阻碍鉴定进行的行为（如故意提供不完整或虚假的鉴定材料、拒绝配合鉴定等），法院可能会对其采取相应的法律措施（如罚款、拘留等），并视情况决定是否继续进行鉴定或直接作出判决。