违反医疗机构制剂的处罚主要由负责药品监督管理的部门执行。具体来说，这一处罚的执行依据和相关细节如下：

1. 处罚依据：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，对于违反医疗机构制剂管理规定的行为，如未经批准擅自配制制剂、使用未经批准的原料药配制制剂等，负责药品监督管理的部门将依法进行处罚。

2. 处罚措施：

   • 没收违法所得及物品：对于违反规定配制的制剂，以及用于违法配制的工具、设备、原材料等物品，负责药品监督管理的部门将予以没收。
   • 罚款：根据违法行为的情节和后果，负责药品监督管理的部门将处以相应数额的罚款。罚款的具体数额将依据违法所得、制剂货值金额等因素确定，可能包括一定倍数的罚款或固定金额的罚款。
   • 情节严重时的处罚：如果违法行为情节严重，如造成严重后果或多次违法等，负责药品监督管理的部门还将采取更严厉的处罚措施，如吊销医疗机构制剂许可证、责令停产停业整顿等。

3. 执行部门：

   • 在实际操作中，负责药品监督管理的部门通常是各级药品监督管理局或其下属的药品监管机构。这些部门具有专业的监管能力和执法权限，能够依法对违反医疗机构制剂管理规定的行为进行查处和处罚。

4. 法律后果：

   • 违反医疗机构制剂管理规定不仅可能导致上述处罚措施的实施，还可能对医疗机构的声誉和信誉造成负面影响。此外，如果违法行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

建议：

• 医疗机构应严格遵守相关法律法规和规定，确保制剂的合法性和安全性。
• 如果医疗机构在制剂管理方面存在疑问或需要帮助，应及时咨询专业的法律人士或药品监管机构，以避免违法行为的发生。

如有任何关于医疗机构制剂管理或相关法律问题的疑问，请直接向我咨询。