医疗机构自配制剂，若违反相关规定，将可能依据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条进行处罚。具体分析如下：

一. 处罚条款

• 根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条，若医疗机构自配制剂被认定为生产、销售劣药，将面临以下处罚：
  1. 没收违法生产、销售的药品和违法所得：即医疗机构自配的制剂及其通过销售这些制剂所获得的收入将被没收。
  2. 罚款：处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。若违法生产、批发的药品货值金额不足十万元的，将按十万元计算进行罚款；若违法零售的药品货值金额不足一万元的，将按一万元计算进行罚款。
  3. 情节严重的处罚：若情节严重，还可能被责令停产停业整顿，甚至吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证。

二. 实际应用

• 例如，某医疗机构未经批准自配制剂并进行销售，若被查处，其自配的制剂及违法所得将被没收，并根据销售金额面临高额罚款。若其行为被认定为情节严重，还可能被责令停产停业，甚至失去相关许可证件。

我建议医疗机构应严格遵守国家关于药品管理的法律法规，不要自配制剂进行销售，以免面临严重的法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。