核心结论：租户面对厂房未交房租且房东起诉，同时存在纠纷的情况，可从积极应诉、收集证据、尝试协商、明确纠纷性质这几个方面来应对。以下是详细说明：
- 积极应诉
- 租户收到法院的起诉状副本后，一定要在规定的期限内提交答辩状。这是租户向法院阐述自己观点和理由的重要机会，不能忽视或放弃。如果不提交答辩状，法院可能会根据房东提供的证据和陈述进行缺席判决，这对租户极为不利。
- 按照法院通知的时间准时出庭参加诉讼活动。在庭审过程中，租户有权对房东提出的诉讼请求和证据进行质证和反驳，充分表达自己的意见和主张。如果租户无正当理由拒不到庭，法院同样可能进行缺席判决。
- 收集证据
- 证明纠纷存在的证据：这是应对此类案件的关键。如果纠纷是与厂房的质量有关，比如厂房存在漏水、墙体开裂等影响正常使用的问题，租户可以收集相关的照片、视频资料，以及找专业的鉴定机构出具的鉴定报告。要是纠纷是关于房东未履行维修义务，租户可以保留曾经向房东提出维修要求的书面通知、聊天记录等证据。
- 证明已支付部分房租的证据：如果租户已经支付了部分房租，要收集好付款凭证，如银行转账记录、收据等。这些证据可以证明租户并非恶意拖欠房租，而是在存在纠纷的情况下对剩余房租的支付存在争议。
- 其他相关证据：例如租赁合同，它是明确双方权利义务的重要依据，要仔细审查合同中关于房租支付、纠纷处理等方面的条款；还有与房东沟通协商的记录，包括书面协议、会议纪要等，这些都能反映双方在纠纷处理过程中的态度和协商情况。
- 尝试协商
- 在诉讼过程中，租户仍然可以主动与房东进行协商。协商的目的是尽量达成一个双方都能接受的解决方案，避免诉讼的进一步进行，节省时间和精力。
- 租户可以根据纠纷的实际情况和自己的经济状况，提出合理的解决方案。比如，如果是因为厂房质量问题导致租户经营受损，租户可以要求房东减免部分房租或者承担一定的赔偿责任，同时承诺在一定期限内支付剩余房租。如果双方能够达成一致意见，可以签订和解协议，并向法院申请撤诉或者由法院根据和解协议制作调解书。
- 明确纠纷性质对案件走向的影响
- 如果是租户违约在先：例如租户未经房东同意擅自转租厂房、改变厂房用途等违反租赁合同约定的行为，导致房东起诉要求解除合同并支付拖欠房租。这种情况下，租户需要认识到自己的违约行为可能会承担一定的法律责任。但即便如此，租户仍然可以就纠纷部分与房东进行协商，争取减轻自己的责任。比如，如果租户能够及时纠正违约行为，并向房东诚恳道歉，房东可能会考虑继续履行合同，租户则需按照合同约定支付拖欠的房租。
- 如果是房东违约：如房东未按照合同约定提供厂房的相关配套设施、干扰租户的正常经营等。租户可以在应诉时提出反诉，要求房东承担违约责任，如赔偿租户因房东违约所遭受的损失、继续履行合同等。同时，租户可以以房东违约作为抗辩理由，拒绝支付部分或全部房租，但需要提供充分的证据支持自己的主张。