关于晚上加班时吃饭时间是否应计入加班时间的问题，这确实是一个需要综合考虑多方面因素的情况。以下是我为您详细梳理的解答：

首先，要明确的是，我国现行法律并未明确规定加班时间计算时是否需要扣除吃饭时间。加班时间一般指的是劳动者在正常工作时间外继续从事本职工作的时间，但关于其中包含的吃饭等休息时间如何处理，法律并未给出具体条文。不过，无论何种工时制度，用人单位都应确保员工每天至少有一小时的吃饭休息时间，并需获得员工的书面同意，这是保障员工基本休息权益的原则。

接下来，我们根据不同情况来具体分析：

1. 劳动合同约定：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班时间计算时会扣除一定的吃饭时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是有效的。双方应严格按照合同约定执行。

2. 用人单位规章制度：

   • 若用人单位依法制定的规章制度中对加班时间扣除吃饭时间有明确规定，并且该规章制度经过了民主程序制定并已向劳动者公示，那么在计算加班时间时可以按照规章制度执行。

3. 实际工作情况：

   • 吃饭时间的自主性与休息性：如果员工在吃饭期间能自由支配时间并充分休息，比如可以离开工作岗位去餐厅或其他地方吃饭，且期间不用处理工作事务，那么这段时间通常不应计入加班时间。
   • 吃饭时间与工作的紧密关联：若员工在吃饭时仍需随时处理工作，不能完全休息，比如紧急项目加班期间只能在工作岗位上简单用餐，同时还要处理工作事务，那么吃饭时间应当计入加班时间。

4. 工时制度的影响：

   • 对于标准工时制的员工，加班期间的吃饭时间通常应计入工作时间，因为此时员工本应在休息，但因加班而无法正常休息。
   • 对于综合计算工时或不定时工作制的员工，则需根据公司的具体规定和劳动合同来确定吃饭时间是否计入加班时间。

总结与建议：

员工加班时吃饭时间是否计入加班时间是一个复杂的问题，需要综合考虑法律规定、劳动合同约定、用人单位规章制度及实际工作情况等多个因素。为确保双方的权益得到妥善保护，我建议用人单位在制定相关规章制度或劳动合同时，明确约定加班时间计算方式及吃饭时间的处理方式，并确保这些规定符合法律法规的要求。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在签订劳动合同时仔细阅读合同条款，并在实际工作中根据实际情况与用人单位进行沟通和协商。这样，既能保障员工的合法权益，也能促进用人单位的规范管理。