结论：乡镇履职清单收回后，若存在违反城乡规划法的行为，行政机关仍可依法发放责令整改通知书。以下从法律适用、履职清单性质、程序合法性三个角度展开分析：
一、法律适用：城乡规划法的效力独立于履职清单
根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条、第六十五条，行政机关对未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可内容建设的行为，具有法定查处职责。履职清单的收回仅涉及行政机关内部管理或职责分配调整，不改变城乡规划法赋予的法定职权。即使清单收回，只要违法行为存在，行政机关仍需依法履职。
二、履职清单性质：内部管理工具不影响外部法律责任
- 履职清单的定位：通常为行政机关内部明确职责分工、优化工作流程的文件，属于行政组织法范畴的内部管理措施。
- 对外部效力的影响：根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。履职清单的调整不构成对法定职权的剥夺或限制，行政机关不得以清单收回为由拒绝履行法定查处职责。
三、程序合法性：责令整改通知书的发放需符合法定要求
- 实体要件：需存在《城乡规划法》第六十四条、第六十五条规定的违法行为（如未批先建、超规划建设等）。
- 程序要件：
- 调查取证：行政机关应依法调查违法行为，收集证据（如现场勘验笔录、照片、规划许可文件等）；
- 告知权利：发放通知书前应告知当事人违法事实、整改要求及陈述申辩权；
- 文书规范：通知书需载明违法行为、整改期限、法律依据及救济途径，并加盖行政机关公章。
- 例外情形：若履职清单收回导致行政机关内部职责混乱，且未通过其他方式明确查处主体（如上级指定、职能划转等），可能因“主体不适格”被认定为程序违法，但此情形需结合具体证据判断。
实务建议
- 对行政机关：若履职清单收回后职责划分不明，应及时通过内部文件或上级指示明确查处主体，避免因主体不适格导致行政行为被撤销。
- 对相对人：若收到责令整改通知书，可重点审查：
- 行政机关是否具有法定职权；
- 通知书是否载明违法事实及法律依据；
- 是否保障陈述申辩权。
若存在程序违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
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