结论：在劳动仲裁中，面对老板注册多个公司的情况，您确实可以选择其中一个公司作为被申请人进行仲裁，但选择时需谨慎考虑，确保所选公司与您的劳动关系或争议事项有直接关联。

分析说明：

1. 选择与劳动关系直接相关的公司：

   • 如果您与其中一家公司签订了劳动合同，且该合同是您实际工作的依据，那么您应当选择这家公司作为被申请人。因为根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁的被申请人应当是与劳动者存在劳动关系的用人单位。
   • 举例来说，如果您在A公司工作，但A公司是B公司的子公司，且您与A公司签订了劳动合同，那么在发生劳动争议时，您应当选择A公司作为被申请人，而不是B公司，除非有证据表明B公司也直接参与了您的劳动关系管理或争议事项。

2. 考虑公司间的关联关系：

   • 如果多个公司之间存在关联关系，且这种关联关系对您的劳动关系或争议事项产生了影响，那么在选择被申请人时，您可能需要考虑这种关联关系。例如，如果一家公司是另一家公司的控股股东，且实际控制了您的劳动关系，那么在仲裁时，您可能需要将这两家公司都列为被申请人，或者根据具体情况选择其中一家作为主要被申请人。
   • 但需要注意的是，将多个公司列为被申请人可能会增加仲裁的复杂性和难度，因此，在做出决定前，您应当充分评估证据和法律风险。

3. 法律后果与选择策略：

   • 选择错误的被申请人可能导致仲裁请求被驳回或仲裁结果无法执行。因此，在选择被申请人时，您应当确保所选公司与您的劳动关系或争议事项有直接关联，并尽可能收集相关证据来支持您的选择。
   • 如果您不确定应该选择哪家公司作为被申请人，或者担心选择错误会带来不利后果，那么您可以考虑在提起仲裁前咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和证据，为您提供更具体的法律建议和选择策略。

行动建议：

• 在提起劳动仲裁前，仔细审查您与各公司之间的劳动合同、工作记录、工资支付记录等证据，以确定与您存在劳动关系的公司。
• 如果多个公司都与您的劳动关系或争议事项有关联，那么您需要评估这种关联关系的性质和程度，以及选择不同被申请人可能带来的法律后果。
• 在做出决定前，如果您对法律问题或选择策略存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况和证据，为您提供专业的法律建议和帮助。