结论：在法院已经起诉两个公司的情况下，是否可以单独对其中一个公司进行仲裁，这主要取决于您与这两个公司之间的仲裁协议情况以及纠纷的性质。以下分情况详细说明：

1. 若与两个公司均无仲裁协议：

   • 在这种情况下，您已经选择了通过法院诉讼的方式来解决与两个公司的纠纷，那么就无法再单独对其中一个公司提起仲裁。因为仲裁的前提是双方存在有效的仲裁协议，且仲裁协议排除了法院的管辖权。既然没有仲裁协议，仲裁机构就没有管辖权，您只能继续通过法院诉讼程序来解决问题。

2. 若与其中一个公司有仲裁协议，与另一个公司无仲裁协议：

   • 如果您与其中一个公司签订了有效的仲裁协议，并且该协议排除了法院的管辖权，那么您就可以根据这份仲裁协议，单独对该公司提起仲裁。同时，对于与另一个没有仲裁协议的公司，您仍然需要继续通过法院诉讼程序来解决纠纷。这两种程序（仲裁和诉讼）可以并行进行，因为它们分别针对不同的公司，且基于不同的法律关系和协议。

3. 若与两个公司均有仲裁协议，但纠纷性质不同：

   • 即便您与两个公司都签订了仲裁协议，但如果您与这两个公司之间的纠纷性质不同，或者仲裁协议中对于纠纷的解决方式有特别约定（例如，某些类型的纠纷通过仲裁解决，其他类型的纠纷通过诉讼解决），那么您也可能需要根据具体情况来决定是否对其中一个公司提起仲裁。不过，在大多数情况下，如果仲裁协议没有特别约定，且纠纷性质相同或相似，那么您通常应该同时对两个公司提起仲裁，或者根据仲裁协议的约定来处理。

4. 仲裁协议的有效性及注意事项：

   • 仲裁协议必须书面形式，且内容要明确、具体，包括请求仲裁的意思表示、仲裁事项和选定的仲裁委员会等。如果仲裁协议存在瑕疵或无效情形（如仲裁机构约定不明、仲裁事项超出法律规定的范围等），那么仲裁协议可能无法得到执行，您仍然需要通过法院诉讼程序来解决纠纷。
   • 另外，即使存在有效的仲裁协议，如果您在仲裁程序开始前或进行中向法院提起诉讼，且对方在首次开庭前未提出异议并应诉答辩的，那么法院可能会视为双方放弃了仲裁协议，从而继续审理案件。

法律建议：

• 在决定是否对其中一个公司提起仲裁前，请务必仔细审查您与该公司之间的仲裁协议内容，确保其有效且明确。
• 如果您对仲裁协议的有效性或仲裁程序有疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
• 在处理涉及多个公司的纠纷时，请务必保持谨慎和细致，确保您的每一步行动都符合法律规定和仲裁协议的约定。

如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。