针对您提出的“自己在农村的房子因户口迁到小城镇而不给办理不动产登记是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，不动产登记，特别是农村不动产的登记，是受到相关法律法规严格规范的。根据《不动产登记暂行条例实施细则》的相关规定，依法利用宅基地建造住房及其附属设施的，是可以申请宅基地使用权及房屋所有权登记的。这一规定并未将户口是否在农村作为登记的必要条件，而是更侧重于房屋的合法性和宅基地的使用权。

接下来，我们分析您的情况。您提到自己的户口已经迁到了小城镇，但这并不直接决定您是否可以办理农村不动产登记。关键在于您的房屋是否依法建造在宅基地上，以及您是否拥有该宅基地的合法使用权。如果您能够提供相关的权属来源材料（如有批准权的人民政府批准用地的文件）、房屋符合规划或建设的相关材料，以及其他必要的登记材料，那么您就有权申请不动产登记。

此外，我还注意到，您可能担心的是户口迁移后是否会影响您的登记资格。实际上，户口迁移本身并不构成拒绝办理不动产登记的合法理由。除非存在特定的政策或法规明确规定，在户口迁移后不得办理农村不动产登记，但根据我目前所了解的信息，并没有这样的普遍性规定。

当然，如果您所在的地区有特定的地方性法规或政策，对农村不动产登记有额外的要求或限制，那么您需要遵守这些规定。但即便如此，这些规定也应当是公开透明的，并且应当有明确的法律依据。

综上所述，如果您的房屋是依法建造在宅基地上，且您拥有该宅基地的合法使用权，同时能够提供必要的登记材料，那么因户口迁到小城镇而不给办理不动产登记是不合法的。您有权向相关部门提出异议，并要求他们依法办理不动产登记。如果遇到困难或问题，您也可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。