店铺转让时，烟草证不能直接转让给新店主。这是由《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》及相关法律法规严格规定的，以下是对此问题的详细解释：

一、烟草专卖许可证的不可转让性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》第十二条，烟草专卖许可证核定的经营主体为自然人或特定法人组织，具有人身专属性。这意味着烟草证是与持证人的经营主体资格紧密相关的，任何形式的买卖、出租、出借行为均属违法。

2. 实际规定：烟草专卖零售许可证上明确标注“不得转让”字样，持证人变更需通过法定注销-新办程序完成，而非直接过户。这是为了维护烟草市场的秩序，防止非法转让导致的市场混乱。

二、店铺转让后烟草证的合法处理方式

1. 原持证人注销许可：

   • 原店主在转租商店后，如果不再经营卷烟业务，应及时向当地烟草专卖局提出歇业（或注销）申请，配合完成许可证回收及档案注销流程。这是原店主的一项重要法律义务，也是确保烟草证合法处理的关键步骤。

2. 新经营者重新申领：

   • 新店主若想在转租后的商店中经营烟草零售业务，必须在原店主办理完歇业手续后，重新向当地烟草专卖局提出烟草专卖零售许可证的申请。
   • 申请过程中，新店主需要准备一系列材料，包括但不限于工商营业执照原件及复印件、法定代表人（负责人）身份证原件及复印件、经营场所的产权证明或租赁协议等，并填写完整的申请书。
   • 烟草专卖局在收到申请后，会进行初步审核，并安排实地核查。核查内容主要包括经营场所是否符合烟草制品零售点合理布局的要求等。如果新店主符合所有条件，烟草专卖局会在规定时间内依法作出准予行政许可的决定，并向新店主颁发新的烟草专卖零售许可证。

三、违规操作的法律后果

1. 行政处罚：擅自转让烟草证将面临责令改正、罚款（通常为非法所得额的10%-50%）、强制注销许可证等处罚。这些处罚旨在维护烟草市场的秩序，防止非法转让行为的发生。

2. 刑事责任风险：若涉及伪造变造证件、非法经营卷烟等行为，可能构成刑事犯罪。这将给违法者带来严重的法律后果，包括有期徒刑、罚金等。

四、特殊场景说明

1. 家庭经营变更：如果是个体工商户在家庭成员间变更经营者，可凭工商登记变更证明等材料申请许可证变更。但仅限直系亲属且需符合当地政策。这种情况下，虽然经营者发生了变化，但由于是在家庭成员间进行，因此法律上允许进行许可证的变更。

2. 企业重组情况：公司合并分立导致经营主体变更，需提供市场监管部门备案文件、债权债务承继协议等复杂证明材料方可办理。这种情况下，由于经营主体发生了重大变化，因此需要提供更多的证明材料来确保许可证的合法性和有效性。

总结与建议：

店铺转让时，烟草证不能直接转让给新店主。原店主应及时提出歇业申请，而新店主则需按照程序重新申请新的烟草专卖许可证。在整个过程中，双方应签订明确的转让合同，并确保所有材料的真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。