对于经营超过保质期但保质期货值不足一万元的情况，根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，通常的处罚是没收违法所得和违法经营的食品，并可以处以罚款，罚款的金额一般在二千元以上五万元以下，具体会根据违法情节的轻重来判定。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的规定，禁止生产经营超过保质期的食品。
- 依据该法第一百二十四条，对于经营超过保质期食品的行为，若违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，将面临没收违法所得和违法生产经营的食品，并可处二千元以上五万元以下罚款的处罚。
处罚的具体考量：
- 违法情节的轻重：处罚的幅度会根据经营超过保质期食品的具体情节，如是否造成危害后果、是否主动消除或减轻危害后果等，来综合判断。
- 货值金额：虽然货值金额不足一万元，但仍是处罚时的一个重要考量因素。货值金额越小，可能面临的罚款下限会相对较低，但具体罚款金额仍需根据违法情节来确定。
实际操作中的建议：
- 主动整改：如果发现经营了超过保质期的食品，应立即停止销售，并主动向相关部门报告，积极配合调查处理。
- 加强管理：建立健全的食品安全管理制度，加强对食品保质期的监控和管理，防止类似情况再次发生。
- 法律意识提升：加强对食品安全法律法规的学习和理解，提高法律意识，确保经营活动的合法合规。
在处理此类案件时，相关部门会综合考虑多种因素来判定处罚的幅度。因此，如果面临这样的情况，建议积极配合相关部门的调查处理，并主动采取措施进行整改和预防。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。