结论：工地工人受伤两年后申请工伤，公司是否认可取决于多种因素，包括是否已过工伤认定申请时效、公司是否配合以及是否存在特殊情况等。以下从不同角度进行分析：
一、工伤认定申请时效
一般情况：
- 根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
- 如果用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
两年后申请的情况：
- 如果工人受伤后两年才提出工伤认定申请，且没有特殊情况（如不可抗力等）导致无法及时申请，那么很可能已经超过了法定的申请时效。在这种情况下，公司可能会以超过时效为由不认可工伤认定申请。
二、公司是否配合
公司配合的情况：
- 如果公司愿意配合工人进行工伤认定申请，即使已经超过了一般的申请时效，公司也可以协助工人向社会保险行政部门说明情况，争取延长申请时限或获得其他特殊处理。
公司不配合的情况：
- 如果公司不配合工人进行工伤认定申请，甚至否认工伤事实，那么工人需要自行收集证据并申请工伤认定。在这种情况下，由于已经超过了法定的申请时效，工人可能会面临更大的困难。
三、特殊情况的处理
不可抗力等特殊情况：
- 如果工人因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由导致无法及时申请工伤认定，那么可以在障碍消除后的一定期限内申请工伤认定。这种情况下，公司应当认可工人的工伤认定申请。
公司未履行告知义务：
- 如果公司未按照法律规定告知工人有关工伤认定的权利和义务，导致工人未能及时申请工伤认定，那么工人可以在发现公司未履行告知义务后的一定期限内申请工伤认定。这种情况下，公司也可能需要承担一定的责任。
四、法律建议
及时咨询专业律师：
- 鉴于工伤认定申请的时效性和复杂性，建议工人在受伤后尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及申请工伤认定的具体流程和要求。
收集并保存证据：
- 工人应当尽可能收集并保存与工伤相关的证据，如医疗记录、事故现场照片、证人证言等，以便在申请工伤认定时提供有力的支持。
与公司协商或寻求法律援助：
- 如果公司不认可工伤认定申请或拒绝配合，工人可以尝试与公司进行协商，或者寻求法律援助机构的帮助，以维护自己的合法权益。
总结来说，工地工人受伤两年后申请工伤，公司是否认可取决于多种因素。为了保障自己的权益，工人应当及时咨询专业律师，了解相关法律规定和申请流程，并尽可能收集并保存与工伤相关的证据。如果遇到困难或问题，可以寻求法律援助机构的帮助。