结论：乙方由甲方持股是否合法，需根据具体情况判断，包括持股方式、是否符合法律法规及公司章程等。以下从不同角度进行分析：
持股方式合法性
- 直接持股：若甲方通过直接购买乙方股份的方式成为乙方股东，且该交易符合《公司法》及乙方公司章程的规定，如经过必要的审批程序、信息披露等，则这种持股方式是合法的。
- 间接持股：甲方也可能通过控制其他公司或实体，再由这些公司或实体持有乙方的股份，从而实现间接持股。这种方式同样需要遵守相关法律法规和公司章程，确保交易的合法性和透明度。
法律法规遵循
- 公司法规定：根据《公司法》的相关规定，股东持股比例、股东权利与义务等均有明确规定。甲方持股乙方需确保不违反这些规定，如不通过非法手段获取股份、不损害其他股东利益等。
- 反垄断法：若甲方持股乙方后，可能构成市场垄断或限制竞争，则需遵守《反垄断法》的相关规定，进行必要的申报和审批。
- 外资准入：如果甲方是外资企业或个人，还需考虑外资准入的相关法律法规，确保持股行为符合外资投资的规定。
公司章程与股东协议
- 公司章程：乙方公司章程可能对股东持股比例、股东资格、股权转让等有特别规定。甲方持股乙方前，需仔细审查乙方公司章程，确保持股行为不违反其规定。
- 股东协议：如果甲方与乙方其他股东之间存在股东协议，也需考虑该协议对持股行为的影响。股东协议可能包含对股东持股比例、股权转让限制等条款，甲方需确保持股行为符合这些条款。
潜在法律后果
- 无效持股：如果甲方持股乙方的行为违反了法律法规或公司章程的规定，该持股行为可能被认定为无效，甲方可能面临失去股东资格、返还股份等法律后果。
- 法律责任：甲方还可能因违法持股行为而承担法律责任，如罚款、赔偿损失等。
建议：
- 在进行持股交易前，甲方应充分了解相关法律法规和公司章程的规定，确保持股行为的合法性。
- 甲方可以寻求专业法律意见，对持股交易进行法律审查，以降低法律风险。
- 如果持股交易涉及复杂法律问题或存在不确定性，甲方可以考虑与乙方及其他股东进行协商，寻求妥善解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。