两份合同都在甲方手里，并不必然违法，但可能存在不合理或权益受损的情形。具体分析如下：

一、合同份数及持有情况的约定

合同的份数及持有情况，通常由合同双方在订立合同时协商确定。若双方事先明确约定两份合同均由甲方保管，那么甲方的这一行为便不违法。这种情况下，合同的持有方式符合双方的约定，也体现了合同自由的原则。

二、未约定合同持有情况的处理

若双方未作此约定，且乙方合理地需要持有一份合同以维护自身权益，例如用于查阅合同条款、处理相关事务、留存证据等，甲方擅自拿走两份合同，可能会对乙方权益造成一定影响。在这种情况下，甲方的行为虽不一定构成严格意义上的违法行为，但可能不符合公平合理的原则。因为合同是双方意思表示一致的产物，双方都应有权持有合同以保障各自的权益。

三、应对措施及建议

1. 沟通协商：

   • 乙方可以诚恳地与甲方沟通，说明自己需要合同原件或副本的原因，如存档、财务报销、核对条款等。
   • 提出请求，希望甲方能提供一份合同的复印件、扫描件或电子版给乙方。
   • 强调合同是双方法律关系的证明，双方都应持有一份以保障各自的权益。

2. 书面催告：

   • 若口头沟通效果不佳，乙方可以发送书面催告函给甲方，明确指出合同签订的基本情况，并设定合理期限要求甲方回复并返还合同（或提供复印件）。
   • 催告函应通过可靠方式发送，如邮政特快专递（EMS），并保留好寄送凭证和物流信息，以备后续需要。

3. 法律手段：

   • 若甲方拒绝提供合同，且合同对乙方的权益至关重要，乙方可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 例如，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求甲方返还合同原件或提供复印件。在诉讼或仲裁过程中，乙方需要提供其他能够证明合同关系存在的证据来支持自己的主张。

四、预防措施

为了避免类似情况的发生，乙方在未来的合同签订和履行过程中可以采取以下预防措施：

1. 在合同中明确约定双方各持有一份合同原件或副本。
2. 合同签订后，及时通过电子邮件或其他方式向甲方发送一份电子版的合同副本作为备份。
3. 加强合同管理，定期对合同进行整理和归档，确保合同的完整性和可追溯性。

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