结论：未经甲方董事会或股东会决议通过，乙方不得将其所持股权转让的条款，其合法性取决于公司章程的具体规定以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度进行分析：

1. 公司章程的自治性：

   • 根据《公司法》及相关法律法规，公司章程是公司内部的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。如果公司章程中明确规定了股权转让需经董事会或股东会决议通过，那么这一条款在公司内部是具有法律效力的。
   • 在此情况下，如果乙方未经甲方董事会或股东会决议通过就擅自转让其所持股权，将违反公司章程的规定，可能面临公司或其他股东的异议，甚至可能引发法律纠纷。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 虽然公司章程具有一定的自治性，但它不能违反法律法规的强制性规定。例如，《公司法》中关于股权转让的一些基本原则和规定，如股东之间可以自由转让股权、对外转让需经过其他股东过半数同意等，是公司章程不能随意改变的。
   • 如果公司章程中的股权转让限制条款与法律法规的强制性规定相冲突，那么该条款将被视为无效。因此，在判断“未经甲方董事会或股东会决议通过，乙方不得将其所持股权转让”这一条款的合法性时，需要仔细审查其是否与法律法规的强制性规定相抵触。

3. 实际操作的合法性考量：

   • 即使公司章程中规定了股权转让需经董事会或股东会决议通过，但在实际操作中，也需要确保决议程序的合法性和有效性。例如，决议的作出是否符合公司章程规定的表决程序、是否代表了股东的真实意愿等。
   • 如果决议程序存在瑕疵或违法情况，那么即使决议本身作出了限制股权转让的决定，也可能因程序问题而被视为无效或可撤销。

法律建议：

• 对于甲方而言，如果希望确保股权转让的严格限制，应在公司章程中明确规定相关条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，在作出相关决议时，应严格遵守公司章程规定的表决程序，确保决议的合法性和有效性。
• 对于乙方而言，在签订股权转让协议前，应仔细审查公司章程中关于股权转让的规定，以及相关法律法规的适用情况。如果发现公司章程中的规定与法律法规相冲突或存在模糊之处，应及时向甲方或专业律师咨询，以避免潜在的法律风险。

可能的法律后果：

• 如果乙方未经甲方董事会或股东会决议通过就擅自转让其所持股权，且该行为违反了公司章程的规定或法律法规的强制性规定，那么乙方可能面临公司或其他股东的起诉，要求确认股权转让无效或撤销股权转让协议。
• 在极端情况下，如果乙方的行为构成了对公司或其他股东权益的严重侵害，还可能面临刑事责任的追究。因此，在进行股权转让时，务必确保程序的合法性和合规性。