核心结论：乙方在获得甲方支付的医药费后，若符合工伤认定条件且构成伤残，仍可向甲方主张伤残相关赔偿，但需注意赔偿项目的范围及是否存在重复主张的情况。以下从不同角度展开分析：

1. 工伤赔偿与交通事故赔偿的独立性

• 工伤赔偿：根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害的，享有工伤医疗待遇、伤残补助等权利。只要乙方被认定为工伤（如上下班途中发生非本人主要责任的交通事故），即可申请工伤认定并享受相应待遇，与甲方是否支付医药费无关。
• 交通事故赔偿：甲方作为交通事故责任方，需根据《民法典》侵权责任编承担赔偿责任，包括医疗费、误工费、伤残赔偿金等。甲方支付医药费是其法定义务，不影响乙方主张其他赔偿项目。

2. 伤残赔偿的双重主张可能性

• 伤残赔偿金：若乙方因交通事故构成伤残（需司法鉴定），可同时主张：
  1. 交通事故伤残赔偿：由甲方或其保险公司根据责任比例赔偿（如全责则全额赔偿）；
  2. 工伤一次性伤残补助金：由工伤保险基金或用人单位支付（根据伤残等级确定金额）。
• 重复项目处理：医疗费、护理费、误工费等实际支出项目若已在交通事故中获赔，工伤赔偿中不再重复支持；但伤残赔偿金、精神损害抚慰金等非实际支出项目可双重主张。

3. 实务操作建议

• 步骤一：工伤认定：乙方需在事故发生后30日内由单位申请工伤认定（单位未申请的，乙方或其近亲属可在1年内自行申请）。
• 步骤二：伤残鉴定：分别进行交通事故伤残鉴定（用于民事赔偿）和劳动能力鉴定（用于工伤赔偿），两者标准可能不同，结果可能存在差异。
• 步骤三：协商/诉讼：
  • 与甲方协商赔偿时，明确区分已获赔项目（如医药费）和未获赔项目（如伤残赔偿金）；
  • 若协商不成，可同时提起交通事故民事诉讼和工伤赔偿申请，但需注意诉讼时效（民事诉讼一般为3年，工伤赔偿申请为1年）。

4. 风险提示

• 保险理赔顺序：若乙方有商业保险（如意外险），需注意理赔顺序。通常先通过交通事故赔偿，不足部分再由商业保险补充，但需以保险合同约定为准。
• 证据保留：务必保存好交通事故责任认定书、医疗记录、伤残鉴定报告、工资证明等材料，以支持双重赔偿主张。

总结：乙方在获得甲方医药费支付后，仍可依法主张伤残赔偿，但需明确赔偿项目范围，避免重复主张。建议尽快启动工伤认定和伤残鉴定程序，并咨询专业律师制定具体索赔方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询。