自筹自支的事业单位改制后编制取消，员工是否有补偿需分情况讨论，具体如下：
若改制涉及劳动合同的变更或解除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且用人单位与劳动者协商未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同，并支付经济补偿。
- 经济补偿的计算标准通常按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
若改制不涉及劳动合同的变更或解除，但编制取消导致员工身份变化：
- 如果改制仅仅改变了单位的性质或管理方式，而并未直接导致劳动合同的变更或解除，那么员工可能不会直接获得经济补偿。但这种情况下，员工应关注改制后单位的新政策或规定，以及自身权益是否受到影响。
- 如果编制取消后，员工被安排到新的岗位或单位，且新岗位或单位的待遇、工作条件等与原岗位存在显著差异，员工有权与用人单位协商变更劳动合同内容。若协商不成，员工可以依据相关法律法规维护自己的合法权益。
特殊情况下的补偿：
- 如果改制过程中存在违法解除劳动合同的情形，如未提前通知、未支付经济补偿等，员工有权要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的标准通常是经济补偿的两倍。
- 另外，如果员工因改制而遭受了其他损失（如培训费用、差旅费用等），且这些损失与改制直接相关，员工也有权要求用人单位进行赔偿。
建议与行动：
- 了解改制方案：首先，员工应详细了解改制方案的具体内容，包括改制后的单位性质、管理方式、员工安置方案等。
- 与用人单位协商：如果改制方案涉及劳动合同的变更或解除，员工应与用人单位进行协商，争取达成合理的补偿协议。
- 寻求法律援助：如果协商不成或用人单位存在违法行为，员工可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与提醒：自筹自支的事业单位改制后编制取消，员工是否有补偿需根据具体情况来判断。员工应密切关注改制动态，了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。