核心结论：租赁的厂房没有合法手续时，房租支付需根据具体情况谨慎处理，以下分情况说明：

1. 若厂房无合法手续但租赁合同有效
   根据《民法典》第708条，出租人应确保租赁物符合约定用途。若厂房虽无产权证等手续，但合同未违反法律强制性规定（如未被认定为违章建筑），且双方自愿签订，合同可能仍有效。此时：

   • 支付义务：承租人仍需按合同约定支付房租，但可要求出租人补充提供产权证明或规划许可等文件，以降低后续风险。
     
   • 风险提示：若厂房因手续问题被行政机关查处（如强制拆除），承租人可能面临停业损失，可提前在合同中约定违约责任或解除条件。

2. 若厂房无合法手续导致合同无效
   根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。若厂房属于违章建筑（如未取得建设工程规划许可证），租赁合同可能被认定无效。此时：

   • 支付义务：承租人无需继续支付后续房租，但已使用期间的“占有使用费”仍需支付（通常参照合同租金标准）。
     
   • 损失分担：双方均有过错的（如出租人明知无手续仍出租，承租人未尽审查义务），需按过错比例分担装修损失、搬迁费用等。
     
   • 行政责任：若厂房被强制拆除，出租人可能面临行政处罚，承租人需配合搬迁，但可主张因合同无效导致的合理损失赔偿。

3. 实务建议

   • 审查手续：签订合同前，要求出租人提供产权证、建设工程规划许可证、消防验收证明等文件，并核实厂房用途是否符合规划（如工业用地不得用于商业）。
     
   • 合同条款：在合同中明确约定“若厂房因手续问题被查处，承租人有权解除合同并要求赔偿”，并约定出租人承担行政处罚责任。
     
   • 风险规避：若厂房手续存疑，可要求出租人提供担保（如押金、第三方保证），或缩短付款周期（如按月支付），降低资金风险。
     

总结：房租支付需结合厂房手续合法性、合同效力及双方过错综合判断。建议优先通过协商补充手续或修改合同条款，若无法解决，可委托律师介入调查厂房权属及规划情况，再决定是否继续履行合同或主张赔偿。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。