结论前置：违法建筑被行政处罚没收后，一般不能通过补办手续保留，但在特定条件下可能存在例外。以下分情况详细说明：

1. 没收处罚的法定性质决定了补办手续的局限性

根据《行政处罚法》第28条，行政机关没收违法建筑属于终局性处罚，其法律效果是直接剥夺所有权，而非暂时限制权利。没收后，建筑所有权转移至国家，原建设者或使用人丧失处分权。此时，补办手续的逻辑基础已不存在——因为补办手续的前提是建筑仍属于合法或可纠正的财产，而没收后建筑已成为国有资产，需通过《国有资产法》规定的程序处置（如拍卖、划拨等），而非通过规划、建设等行政许可恢复私权。

例外情形：若没收决定被依法撤销（如程序违法、事实认定错误），建筑可恢复至没收前的状态，此时若原违法状态可通过补办手续消除（如未取得建设工程规划许可证但符合规划要求），则可能重新申请补办。但这种情况属于对原违法状态的纠正，而非对没收处罚的“补救”。

2. 补办手续的适用条件严格限制保留可能性

即使建筑未被没收，违法建筑补办手续也需满足《城乡规划法》第64条的核心条件：“尚可采取改正措施消除对规划实施的影响”。实践中，这通常要求：

• 建筑未占用永久基本农田、生态保护红线等禁止建设区域；
• 建筑高度、面积、用途等符合规划要求；
• 补办手续不会损害公共利益或他人合法权益。

但若建筑已被没收，即使其本身符合上述条件，也需先通过行政复议或诉讼撤销没收决定，再申请补办手续。若没收决定有效，则补办手续的申请主体应为国有资产管理部门（如自然资源局），而非原建设者，此时原建设者无权主张保留。

3. 实务中的操作路径与风险提示

若原建设者希望保留建筑，可尝试以下步骤，但需承担较高风险：

1. 申请撤销没收决定：以程序违法（如未依法送达、未告知救济权利）或事实错误（如建筑实际符合规划）为由，提起行政复议或诉讼，要求撤销没收决定。
2. 同步申请补办手续：若没收决定被撤销，立即向规划部门申请补办建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证，并补缴相关费用（如城市基础设施配套费）。
3. 注意时效限制：行政复议需在知道没收决定之日起60日内提出，行政诉讼需在6个月内提出；补办手续的申请需在建筑状态未发生重大变化（如新增违建部分）前提出。

风险提示：若没收决定未被撤销，擅自占用或使用被没收的建筑可能构成新的违法行为（如非法占用国有资产），面临罚款、强制拆除等更严厉处罚。

总结建议

违法建筑被没收后，保留的难度极高，核心障碍在于没收决定的终局性。若您认为没收决定存在违法情形，建议优先通过法律程序撤销该决定，再考虑补办手续；若无法撤销，则需接受建筑归国家所有的事实，避免进一步法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合地方性法规和司法实践为您分析。