结论：实习手册上企业名称是总公司但盖的是分公司章，这种情况可能会引发一系列问题，具体取决于实习手册的使用场景和目的，以及总公司与分公司之间的授权关系。以下从不同角度进行分析：

1. 法律实体与责任承担：

   • 总公司与分公司是两个不同的法律实体。分公司虽然可以代表总公司进行一定的业务活动，但在法律上并不具备独立的法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
   • 如果实习手册是用于明确实习生与用人单位之间的权利义务关系，那么使用分公司章可能引发关于合同主体和责任承担的争议。因为从法律上讲，分公司并非独立的合同主体，其盖章可能无法直接代表总公司的意愿。

2. 授权与代理：

   • 如果分公司得到了总公司的明确授权，可以代表总公司签署实习手册等文件，并且这种授权在实习手册签署时已经以适当方式（如书面授权书）向实习生或相关方进行了披露，那么分公司盖章可能具有法律效力。
   • 然而，如果没有明确的授权或授权未得到适当披露，分公司盖章可能被视为无权代理或表见代理，从而引发法律纠纷。

3. 实习手册的性质与目的：

   • 实习手册的性质和目的也会影响其法律效力。如果实习手册主要是用于内部管理或指导实习生工作，而非作为具有法律约束力的合同，那么分公司盖章可能不会引发严重的法律问题。
   • 但如果实习手册包含了对实习生权利义务的明确约定，且这些约定具有法律约束力，那么使用分公司章就需要更加谨慎。

4. 实际操作建议：

   • 为了避免潜在的法律纠纷，建议总公司在签署实习手册等具有法律约束力的文件时，使用总公司章或明确授权分公司代表总公司签署，并确保这种授权得到适当披露。
   • 如果已经使用了分公司章，且没有明确的授权或授权未得到适当披露，建议尽快与实习生或相关方沟通，说明情况并寻求解决方案，如重新签署实习手册或补充授权文件等。

后续行动建议：

• 如果您是实习生或相关方，发现实习手册上企业名称与盖章不符，建议及时与用人单位沟通，了解具体情况并寻求解决方案。
• 如果您是用人单位，建议尽快审查实习手册的签署情况，确保符合法律规定和内部管理要求，避免潜在的法律风险。

如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。