结论：个人护照原则上应由个人自己保管，但在特定情形下，单位保管护照可能具有合法性。以下是对该问题的详细分析：
一、基本原则：个人持有与使用
根据《中华人民共和国护照法》第二条，中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。任何组织或者个人不得伪造、变造、转让、故意损毁或者非法扣押护照。这明确了护照的持有和使用权依法属于个人，原则上，个人护照不应由单位保管。
二、特定情形下的合法性分析
尽管原则上单位无权保管个人护照，但在某些特定情形下，单位保管护照可能具有一定的合法性。这些情形主要包括：
因公护照：
- 对于因公务出国的人员所持有的因公护照，根据国家相关规定及单位内部管理制度，单位有权统一保管。这是出于公务管理和外事纪律的需要，确保因公出国（境）活动的规范有序进行。
事先约定：
- 在员工与单位签订的劳动合同中，如果双方明确约定在特定情况下（如涉及公司重大项目、商业机密保护等），员工需将护照交由单位保管，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位依据此约定保管护照具有合法性。但此类约定必须是双方真实意思的表示，且应遵循公平合理的原则。
法律法规授权：
- 在某些特殊行业或岗位（如涉及国家安全、保密等特殊工作的人员），相关法律法规可能授权单位对员工的护照进行管理或限制使用。在此情况下，单位依据法律法规的授权保管护照也是合法的。
特定活动或组织需要：
- 如学校组织境外活动时，为保护未成年学生的安全和权益，可能会暂时统一保管学生护照。
- 旅行社为方便行程安排、确保游客按时返回及应对突发情况，在旅游期间可能会统一保管游客护照，但需在旅游合同中明确约定，并遵循旅游行业相关规范和监管要求。
三、单位保管护照的法律风险
如果单位未经合法依据擅自保管员工的个人护照，可能面临以下法律风险：
- 侵犯员工的合法权益，包括护照的持有和使用权。
- 如因单位原因导致护照遗失、被盗或损毁，单位可能需要承担经济赔偿责任。
- 可能涉及对员工个人隐私权的侵犯等法律问题。
四、建议与注意事项
个人保管建议：
- 普通公民应妥善保管护照，避免遗失或被盗用。建议采取复印、分开放置等措施确保护照安全。
单位保管建议：
- 单位在保管员工护照时，应确保有合法依据，如因公护照管理、事先约定或法律法规授权等。
- 单位应建立健全护照管理制度，明确保管责任、使用流程和归还要求等，确保不侵犯员工的合法权益。
法律责任：
- 故意涂改、遗弃、损毁、伪造、倒卖护照将受到法律追究。
- 逾期不交或无正当理由拒不交回因公护照的人员，相关单位应报告发照机关，由发照机关宣布护照作废，并在一定期限内停止为其颁发护照。
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